结论概述：在处理少数股东未完全出资情况下的公司合并问题时，主要需考虑合并协议的合法性、未出资股东的责任承担以及合并后的公司资本结构调整。以下将从这几个方面进行详细分析。
一、合并协议的合法性
股东会决议：公司合并需经股东会特别决议通过，通常要求代表三分之二以上表决权的股东同意。若少数股东未完全出资，但其表决权未被剥夺（除非公司章程另有规定），则其仍享有表决权。因此，在合并决议过程中，应确保所有股东，包括未完全出资的股东，都有机会参与表决，并尊重其表决结果。
合并协议内容：合并协议应明确合并各方的权利义务，包括但不限于合并方式、合并后公司的组织架构、债权债务承继等。对于未完全出资的股东，合并协议中应明确其出资义务在合并后的处理方式，如是否继续履行、是否由合并后的公司承继等。
二、未出资股东的责任承担
出资义务不因合并而免除：根据《公司法》及相关规定，股东的出资义务是法定的，不因公司合并而免除。因此，即使在公司合并过程中，未完全出资的股东仍需承担继续出资的责任。
违约责任：若未出资股东未按照合并协议或公司章程的规定履行出资义务，应承担违约责任，包括但不限于向公司支付违约金、赔偿损失等。
合并后公司的追偿权：合并后的公司有权向未完全出资的股东追偿其未履行的出资义务及因此造成的损失。
三、合并后的公司资本结构调整
资本充实原则：公司合并应遵循资本充实原则，确保合并后的公司资本真实、充足。因此，在合并过程中，应对未完全出资的股东的出资情况进行核查，并要求其补足出资或采取其他措施确保公司资本的充实。
股权比例调整：若未完全出资的股东在合并前持有公司股权，合并后其股权比例可能因出资未到位而受到影响。合并协议中应明确股权比例的调整方式，以反映各股东的实际出资情况。
债权人保护：公司合并可能影响债权人的利益，因此合并过程中应充分保护债权人的权益。对于未完全出资的股东，合并后的公司应确保其出资义务得到履行，以维护债权人的利益。
四、实际操作建议
尽职调查：在合并前，应对各股东的出资情况进行尽职调查，特别是针对未完全出资的股东，了解其出资情况、未出资原因及后续出资计划。
协商谈判：与未完全出资的股东进行协商谈判，明确其出资义务在合并后的处理方式，并争取达成一致意见。
法律文件准备：准备合并协议、股东会决议等法律文件，明确各方的权利义务及责任承担方式。
监管机构报备：按照相关法律法规的规定，向监管机构报备合并事宜，并履行相关审批或备案手续。
总结与启示：在处理少数股东未完全出资情况下的公司合并问题时，应充分考虑合并协议的合法性、未出资股东的责任承担以及合并后的公司资本结构调整。通过尽职调查、协商谈判、法律文件准备及监管机构报备等步骤，确保合并过程的合法合规及各方利益的平衡。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。