关于交通运输综合行政处罚案卷撤销及重新处罚的流程，这通常涉及较为复杂的法律程序和行政规定，以下我将尽量详细且清晰地为您阐述这一过程：
一、案卷撤销的流程
撤销申请的提出：
- 通常，撤销行政处罚的申请可以由当事人（即被处罚人）提出，也可以由作出行政处罚决定的交通运输行政执法机构在发现处罚决定存在错误或违法情形时主动提出。
- 申请撤销时，需提交书面申请，并附上相关证据材料，如新的证据、法律适用错误说明等，以证明原处罚决定存在可撤销的情形。
审查与决定：
- 交通运输行政执法机构在收到撤销申请后，会组织相关人员进行审查。审查内容包括原处罚决定的合法性、证据的充分性、法律适用的正确性等。
- 如果审查认为原处罚决定确实存在错误或违法情形，执法机构会作出撤销原处罚决定的决定，并制作撤销决定书。
通知与送达：
- 撤销决定书制作完成后，交通运输行政执法机构会将其送达给当事人，并告知其撤销的理由和依据。
- 同时，执法机构也会将撤销决定书抄送至相关单位或部门，如上级主管部门、法院等（如涉及诉讼）。
二、重新处罚的流程
重新立案：
- 在撤销原处罚决定后，如果交通运输行政执法机构认为需要对当事人进行重新处罚，会重新立案，并指定新的执法人员负责案件的调查和处理。
调查取证：
- 新的执法人员会重新进行调查取证工作，收集与案件相关的证据材料，如现场勘查记录、证人证言、视频监控资料等。
- 在调查过程中，执法人员会确保程序的合法性和证据的充分性。
审查与决定：
- 调查取证完成后，执法人员会制作案件调查报告，并提出处罚建议。
- 交通运输行政执法机构会组织相关人员对案件进行审查，并根据审查结果作出新的处罚决定。新的处罚决定会明确处罚的种类、幅度和依据等。
通知与送达：
- 新的处罚决定书制作完成后，交通运输行政执法机构会将其送达给当事人，并告知其处罚的理由、依据和救济途径。
- 当事人如果对新的处罚决定不服，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
三、注意事项
- 在整个撤销及重新处罚的过程中，交通运输行政执法机构必须严格遵守法定程序，确保当事人的合法权益得到保障。
- 当事人也有权对撤销及重新处罚的过程进行监督，如发现执法机构存在违法行为或不当行为，可以向相关部门进行投诉或举报。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。