核心结论：农村特困人员中的智障残疾人若因无民事行为能力无法自行立户，可通过其法定代理人（如监护人）代为申请危房改造，具体流程和注意事项如下：

一、明确申请主体与代理关系

1. 法定代理人的确定
   根据《民法典》第23条，无民事行为能力人（如智障残疾人）的监护人是其法定代理人。监护人通常为父母、配偶、成年子女或其他近亲属（按顺序确定），若均无法担任，可由村委会或民政部门指定。
   操作建议：先通过村委会或当地残联确认监护人身份，并由监护人出具监护关系证明（如户口本、法院指定监护人判决书等）。

2. 代理申请的合法性
   监护人可代为行使被监护人的民事权利，包括申请危房改造。申请时需提交监护人身份证明、被监护人无民事行为能力证明（如残疾证、医院诊断证明）及代理授权文件（如村委会出具的代理说明）。

二、危房改造申请的具体流程

1. 向村委会提出书面申请
   监护人需准备以下材料：

   • 被监护人（特困人员）的身份证、户口本；
     
   • 残疾证（注明智力残疾等级）；
     
   • 房屋危险性鉴定报告（可由村委会协调住建部门免费鉴定）；
     
   • 特困人员证明（由民政部门出具）；
     
   • 监护人身份证明及代理说明。
     提示：若房屋未鉴定，可先向村委会申请初步评估，再由村委会统一联系鉴定机构。

2. 村委会审核与公示
   村委会收到申请后，需核实材料真实性并公示7天，无异议后上报乡镇政府。

3. 乡镇政府与县级部门审批
   乡镇政府联合住建、民政部门实地核查，确认符合条件后纳入改造计划，并签订改造协议（由监护人代签）。

三、特殊情形处理

1. 无明确监护人时的申请
   若被监护人无近亲属或近亲属无法履行监护职责，可由村委会担任临时监护人，代为申请并监督改造过程。需提供村委会会议记录及民政部门备案文件。

2. 资金与施工支持

   • 资金：特困人员危房改造可享受中央和地方财政补助（具体标准因地而异），监护人无需垫付费用。
     
   • 施工：可由村委会协调施工队，或由监护人自行选择有资质的队伍，但需报乡镇政府备案。

四、后续监督与权益保障

1. 改造过程监督
   乡镇政府需定期检查施工进度和质量，确保资金专款专用。监护人可参与验收，对不合格部分要求整改。

2. 法律救济途径
   若申请被拒或改造中存在侵权行为（如克扣补助、偷工减料），监护人可向县级住建部门投诉，或通过行政诉讼维护权益。

总结：无民事行为能力的农村特困残疾人申请危房改造，关键在于通过法定代理人（监护人）代为行使权利。整个流程需依托村委会、乡镇政府和民政部门的协同，确保材料齐全、程序合法。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。