结论：个体户自然独资人（即个人独资企业的投资人）一般不算本公司员工，但具体是否构成劳动关系需根据实际情况判断。以下从不同角度详细分析：

一、法律关系角度

1. 个人独资企业的性质
   根据《个人独资企业法》，个人独资企业是由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。其本质是“投资关系”而非“劳动关系”，投资人作为企业所有者，通常不与企业建立劳动关系。

2. 劳动关系的认定标准
   根据《劳动合同法》，劳动关系需满足“从属性”特征，即劳动者接受用人单位管理、从事用人单位安排的工作、获取劳动报酬。若投资人仅以所有者身份参与经营（如决策、分红），未实际接受企业考勤、考核等管理，则不构成劳动关系。

二、特殊情形分析

1. 投资人同时担任管理职务
   若投资人兼任企业总经理、部门负责人等职务，且符合以下条件，可能被认定为劳动关系：

   • 签订书面劳动合同；
     
   • 接受企业规章制度管理（如考勤、考核）；
     
   • 领取固定工资而非分红。
     案例：某独资企业投资人兼任总经理，每月领取固定薪资5万元，企业为其缴纳社保。此时投资人可能被认定为“高管员工”，需按《劳动合同法》处理。

2. 投资人未参与经营，仅出资
   若投资人仅出资设立企业，实际经营由他人负责（如聘请职业经理人），则投资人与企业无劳动关系，仅享有投资收益权。

三、法律后果与建议

1. 未认定劳动关系的后果

   • 投资人无需遵守企业规章制度（如加班限制、解雇保护）；
     
   • 企业无需为投资人缴纳社保、公积金；
     
   • 投资人因经营产生的债务需以个人财产承担无限责任。

2. 被认定劳动关系的后果

   • 投资人需遵守《劳动合同法》规定（如最低工资、加班费）；
     
   • 企业需为投资人缴纳社保、公积金；
     
   • 解雇投资人需符合法定条件（如严重违纪、不能胜任工作等）。

3. 实务建议

   • 明确身份边界：若投资人希望避免劳动关系，可通过《公司章程》或《委托经营协议》明确其仅作为投资者，不参与日常管理；
     
   • 签订书面协议：若投资人兼任管理职务，建议签订《劳动合同》或《劳务协议》，明确权利义务；
     
   • 合规经营：无论是否构成劳动关系，均需依法为投资人（或员工）缴纳社保、公积金，避免行政处罚。

总结：个体户自然独资人是否算本公司员工，需结合其实际参与经营的方式、是否接受企业管理等综合判断。若您有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合细节为您进一步解答。