核心结论：合同因履行期限长而解除，但缴纳税款已超三年，税款的处理需分情况讨论，主要取决于税款性质、合同解除原因及税法相关规定。以下是具体分析：

1. 若税款属于合同履行期间的法定义务
   根据《税收征收管理法》及税法相关规定，纳税义务的产生通常与经济行为的发生直接相关，而非合同存续状态。例如：

   • 增值税、企业所得税等：若合同履行期间已发生应税行为（如销售货物、提供服务），即使合同后续解除，纳税义务仍按实际发生时间确认。已缴纳的税款不会因合同解除而退还，但若存在多缴（如预缴后未实际发生应税行为），可依法申请退税或抵缴后续税款。
     
   • 印花税：根据《印花税法》，合同签订时即产生纳税义务，与合同是否履行无关。若合同解除前已缴纳印花税，通常不予退还或抵免。

2. 若合同解除导致应税行为未实际发生

   • 多缴税款处理：若因合同解除导致原应税行为未发生（如预收款项后未交付货物），且已按合同金额缴纳税款，可依据《税收征收管理法》第五十一条申请退还多缴税款。需注意：
     
     • 退税申请需在税款缴纳之日起三年内提出（但题目中已超三年，需进一步分析是否符合例外情形，如税务机关责任导致多缴）；
       
     • 需提供合同解除证明、未发生应税行为的证据（如未交付货物凭证、服务未提供记录等）。
       
   • 特殊税种处理：如土地增值税，若项目未实际开发，可能涉及清算后退税，但需满足地方税务机关的具体规定。

3. 合同解除原因对税款处理的影响

   • 因不可抗力解除：若合同解除系因不可抗力（如自然灾害、政策调整），部分税种可能适用税收优惠或减免政策（如房产税、城镇土地使用税的困难性减免），但需主动向税务机关申请并提交证明材料。
     
   • 因违约解除：若因一方违约导致合同解除，违约方可能需承担赔偿损失等责任，但税款处理仍按实际应税行为确认，与违约责任无关。

4. 实务建议

   • 梳理税款缴纳明细：核对已缴纳税款的税种、金额、缴纳时间及对应应税行为，明确是否存在多缴或应退情形。
     
   • 咨询税务机关：因税款处理涉及具体税种和地方政策，建议携带合同、解除协议、税款缴纳凭证等材料，向主管税务机关咨询退税可能性及流程。
     
   • 保留证据：妥善保存合同解除证明、未发生应税行为的证据，以备税务机关核查。

总结：税款处理需结合税种性质、合同解除原因及实际应税行为综合判断。若存在多缴税款，可依法申请退税或抵缴；若税款已按实际应税行为缴纳，则通常不予退还。建议根据具体情况进一步分析，必要时可提供详细资料向我咨询。