犯罪嫌疑人在辨认现场时逃跑，司法机关通常会立即采取追捕措施，并可能根据逃跑情节依法采取更严厉的强制措施或追究其法律责任。具体处理方式需结合逃跑情节、后果及法律规定综合判断，以下是详细分析：

1. 立即追捕与控制

根据《刑事诉讼法》第82条，公安机关对现行犯或重大嫌疑分子，若正在预备犯罪、实行犯罪或在犯罪后即时被发觉等情形，可先行拘留。犯罪嫌疑人在辨认现场时逃跑，属于“犯罪后即时被发觉”的情形，公安机关有权立即采取拘留措施，并组织警力追捕。若逃跑过程中抗拒抓捕，可能构成妨害公务罪（《刑法》第277条），需与原罪数罪并罚。

2. 逃跑情节对强制措施的影响

• 若逃跑未造成严重后果：司法机关可能认为嫌疑人存在逃避侦查的故意，从而拒绝取保候审或监视居住，直接采取逮捕措施（《刑事诉讼法》第81条）。
• 若逃跑导致他人伤亡或公共财产损失：可能构成脱逃罪（《刑法》第316条），需与原罪数罪并罚。例如，嫌疑人逃跑时撞伤路人，需同时承担交通肇事或故意伤害的责任。

3. 对后续量刑的影响

根据《刑法》第67条，自首需同时满足“自动投案”和“如实供述”。若嫌疑人在辨认现场逃跑，即使后续被抓获，通常不构成自首，可能失去从轻或减轻处罚的机会。此外，逃跑行为可能被法院认定为“认罪态度差”，在量刑时作为酌定从重情节。

4. 特殊情形处理

• 辨认现场非羁押状态：若嫌疑人未被羁押（如取保候审期间逃跑），公安机关可撤销取保候审，转为逮捕，并没收保证金（《刑事诉讼法》第71条）。
• 辨认现场系错误辨认：若嫌疑人被错误指控，逃跑可能被视为“无罪推定下的合理反应”，但需通过法律程序申诉，而非直接逃跑。

5. 实务建议

• 对嫌疑人：逃跑会加重法律后果，建议配合调查，通过律师提出无罪或罪轻的辩护意见。
• 对家属：若嫌疑人逃跑，应劝其主动投案，并委托律师协助处理后续法律程序。
• 对司法机关：需在追捕过程中注意程序合法性，避免使用过度暴力，否则可能引发国家赔偿或行政诉讼。

总结：犯罪嫌疑人在辨认现场逃跑，司法机关会立即追捕并可能采取更严厉的强制措施。逃跑行为不仅可能构成新罪，还会影响后续量刑和自首认定。若您或他人涉及此类情况，可直接向我咨询具体应对策略。