登记机关在收到法院查封按份共有的不动产的要求时，应当依法协助执行，具体处理方式如下：

1. 审查法律文书与协助执行通知
   登记机关首先需审查法院送达的法律文书（如裁定书、协助执行通知书）是否符合法定形式要求，包括文书是否由有管辖权的法院出具、是否明确查封标的（如不动产的具体坐落、产权证号）、查封期限及执行依据（如生效判决、调解书等）。若文书存在瑕疵（如未加盖法院公章、信息不全），登记机关有权要求法院补正，否则可拒绝协助。

2. 核实不动产权属与共有状态
   登记机关需通过不动产登记簿查询该不动产的权属信息，确认其是否为按份共有（即各共有人按约定比例享有所有权）。若登记簿显示为共同共有（如夫妻共同财产），则需进一步核实法院查封是否针对特定份额或全体共有权。按份共有的特殊性在于，法院通常只能查封被执行人名下的份额，而非整个不动产，除非全体共有人同意或法律另有规定（如《民法典》第303条规定的重大理由需分割共有物）。

3. 办理查封登记并标注共有份额
   若法院要求查封被执行人名下的特定份额，登记机关应在不动产登记簿上“异议登记”或”查封登记”栏中注明查封范围（如”查封张三名下50%份额”），并标注查封法院、案号及期限。若法院未明确份额，登记机关可要求法院补充说明，避免超范围查封。同时，登记机关需向法院出具《协助执行回执》，确认查封已办理。

4. 处理其他共有人的异议
   若其他共有人对查封提出异议（如主张份额归属错误、查封超出被执行人份额），登记机关应告知其通过以下途径解决：

   • 向法院提出执行异议：其他共有人可依据《民事诉讼法》第232条，向执行法院提出书面异议，法院应在15日内审查并裁定；
     
   • 提起案外人异议之诉：若对裁定不服，其他共有人可在裁定送达之日起15日内向法院提起诉讼，通过诉讼确认份额归属或排除执行。
     登记机关在此阶段仅负责形式审查，不介入实体争议，但需根据法院最终生效文书调整登记内容。

5. 查封期限与续封处理
   查封期限一般不超过3年（依据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第19条），期满前法院需办理续封手续，否则查封自动解除。登记机关在收到续封文书后，应延续查封登记效力，并注明续封次数及期限。

实务提示：若不动产按份共有涉及复杂权属争议（如隐名共有人、份额代持等），登记机关可能要求法院提供更多证明材料（如共有协议、付款凭证等）以确认被执行人份额，避免因登记错误引发行政诉讼。建议法院在查封前与登记机关充分沟通，确保文书内容明确、无歧义。