结论：孩子学籍上父亲填写为继父，而当时不清楚勾选了为亲生父亲，这一情况是否会产生影响，主要取决于后续是否需要用到学籍信息中的父亲信息以及具体的使用场景。以下从不同角度进行分析：

一、学籍信息本身的影响

1. 学籍管理角度：

   • 学籍信息是学校管理学生的重要依据，其中父亲信息的填写通常用于学校与家长之间的沟通、联系以及紧急情况下的通知等。
   • 如果学籍上父亲信息填写错误，但并未因此导致学校与家长之间的沟通障碍或紧急情况下的处理问题，那么这一错误可能不会产生实质性的影响。

2. 信息更正角度：

   • 如果发现学籍上父亲信息填写错误，可以向学校提出更正申请。学校通常会根据实际情况进行核实，并在确认无误后进行更正。
   • 更正学籍信息需要提供相关证明材料，如户口本、出生证明等，以证明继父与孩子的实际关系。

二、对未来可能产生的影响

1. 升学、就业等场景：

   • 在孩子升学、就业等需要提供学籍信息的场景中，如果父亲信息填写错误，可能会引发一些不必要的麻烦或误解。
   • 例如，在升学时，学校可能会要求提供完整的家庭信息，包括父母的关系等。如果学籍上父亲信息填写错误，可能需要额外提供证明材料来澄清关系。

2. 法律权益角度：

   • 从法律权益的角度来看，学籍上父亲信息的填写错误通常不会直接影响孩子的法律权益。
   • 但是，如果因此导致在需要父亲参与的法律事务（如继承、抚养等）中产生争议或误解，那么可能需要通过法律途径来澄清关系并维护孩子的权益。

三、建议与措施

1. 及时更正：

   • 如果发现学籍上父亲信息填写错误，建议尽快向学校提出更正申请，并提供相关证明材料。
   • 更正学籍信息可以避免未来可能产生的麻烦和误解。

2. 保留证明材料：

   • 在更正学籍信息的同时，建议保留好相关证明材料（如户口本、出生证明等），以备未来可能需要使用。

3. 关注孩子成长：

   • 无论学籍上父亲信息如何填写，都应关注孩子的成长和教育，确保孩子在一个健康、和谐的环境中成长。

总结：孩子学籍上父亲填写为继父而当时不清楚勾选了为亲生父亲，这一情况本身可能不会产生实质性的影响，但为了避免未来可能产生的麻烦和误解，建议及时向学校提出更正申请，并提供相关证明材料。如果你还有其他关于婚姻家庭方面的法律问题，可以直接向我咨询。