资金来源不一样、责任主体不一样的情况下，是否可以合并招标，这并非一个绝对可以或不可以的问题，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合并招标的可行性分析
法律法规层面：
- 合并招标通常需要符合相关法律法规的规定。例如，《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例中，并未直接禁止资金来源不同或责任主体不同的项目合并招标，但要求招标活动必须遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。
- 如果合并招标能够确保这些原则得到贯彻，且不违反其他具体法律法规的强制性规定，那么从法律层面讲，合并招标是可行的。
项目特性层面：
- 资金来源不同或责任主体不同，并不必然意味着项目之间无法合并招标。关键在于这些项目是否具有相似性或互补性，以及合并招标是否能够提高效率、降低成本。
- 例如，如果两个项目虽然资金来源不同，但属于同一类型的基础设施建设，且合并招标能够简化招标流程、减少重复工作，那么合并招标可能是合理的。
实际操作层面：
- 合并招标需要考虑实际操作中的复杂性。不同资金来源或责任主体的项目，可能在合同条款、付款方式、验收标准等方面存在差异，这些差异需要在合并招标时予以充分考虑和协调。
- 如果合并招标能够妥善解决这些差异，确保各方权益得到保障，那么合并招标是可行的。
二、合并招标可能面临的问题及建议
问题：
- 合并招标可能导致招标文件复杂化，增加投标人的理解难度和投标成本。
- 不同资金来源或责任主体的项目，可能在后续执行过程中出现协调困难，影响项目进度和质量。
建议：
- 在合并招标前，应充分评估项目的相似性和互补性，以及合并招标的可行性和必要性。
- 制定详细的招标文件，明确各项目的具体要求、合同条款、付款方式等，确保投标人能够清晰理解并准确响应。
- 在招标过程中，加强与投标人的沟通，及时解答疑问，确保招标活动的顺利进行。
- 在项目执行过程中，建立有效的协调机制，确保不同资金来源或责任主体的项目能够顺利衔接和推进。
三、特殊情况下的合并招标
- 在某些特殊情况下，如政府主导的多个相关项目，即使资金来源或责任主体不同，也可能出于政策考虑或效率考虑而合并招标。这种情况下，需要特别关注政策要求和项目间的协调问题。
总结来看，资金来源不一样、责任主体不一样的情况下，是否可以合并招标，需要根据项目的具体情况、相关法律法规以及实际操作中的可行性进行综合判断。如果你有具体的项目情况或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。