核心结论：不同权利人的林权与土地承包经营权重叠时，需根据重叠原因、权利性质及法律规定，通过协商、行政处理或司法途径解决，具体处置方式需结合实际情况判断。以下是具体分析：
一、重叠原因与权利性质分析
历史遗留问题
若重叠因早期登记不规范、测量误差或政策衔接不畅导致（如林权证与承包经营权证范围交叉），需优先核查原始档案、权属证明及历史政策文件，明确权利边界。例如，集体林权制度改革中，部分林地可能被同时划入承包地范围，需依据《森林法》《农村土地承包法》及地方政策综合判断。
权利性质冲突
- 林权：通常指对林地的使用权、林木所有权及收益权，可能涉及生态保护、林业生产等特殊限制。
- 土地承包经营权：以农业种植为核心，受《农村土地承包法》保护，承包期最长30年。
若林地被承包用于非林业用途（如开垦种粮），可能违反《森林法》关于林地用途管制的规定，需优先保障生态功能。
二、处置路径与法律依据
协商解决
- 适用场景：双方对权属无争议，仅因边界模糊产生纠纷。
- 操作方式：共同委托第三方机构（如测绘公司）重新勘界，签订书面协议明确权利范围，并申请变更登记。
- 法律依据：《民法典》第2八十八条（相邻关系处理原则）、《不动产登记暂行条例》第14条（共同申请登记）。
行政处理
- 适用场景：协商未果或权属存在争议。
- 操作方式：向县级以上人民政府申请确权，由自然资源、林业主管部门联合调查并出具处理决定。
- 法律依据：《土地管理法》第14条（土地权属争议处理）、《森林法》第17条（林地权属争议调解）。
司法途径
- 适用场景：对行政处理决定不服或争议涉及重大利益。
- 操作方式：向法院提起行政诉讼（针对行政决定）或民事诉讼（针对侵权行为），法院将依据权属证明、使用事实及法律规定裁判。
- 典型案例：若承包方未经许可在林地上种植非林木作物，林权人可主张停止侵害、赔偿损失（《民法典》第236条、第1165条）。
三、特殊情形处理
生态保护红线重叠
若重叠区域涉及国家级公益林、自然保护区等生态敏感区，需优先适用《环境保护法》《自然保护区条例》等规定，限制开发活动，可能需通过生态补偿机制平衡权利人利益。
集体经营性建设用地入市
若重叠土地被纳入集体经营性建设用地入市范围，需按《土地管理法》第63条处理，确保林权人或承包经营权人参与收益分配。
四、实务建议
- 权利人：及时固定证据（如权属证书、使用记录、证人证言），避免因时间久远导致举证困难。
- 基层组织：发挥调解作用，引导双方通过“村民自治+法律顾问”模式低成本解决纠纷。
- 政府部门：完善权属登记系统，推动“多规合一”平台建设，减少权属冲突源头。
如遇具体案件，建议提供权属证书、争议范围图等材料，以便进一步分析法律风险与解决方案。