超过追征期补缴的税款，一般情况下是不能退还的，但存在例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：超过追征期补缴税款不予退还
根据税收征管的相关原则，税务机关在法定的追征期内有权对纳税人未缴或少缴的税款进行追征。一旦超过这个追征期，税务机关通常不再对这部分税款进行追征，相应地，如果纳税人在超过追征期后主动补缴了税款，这部分税款一般也不予退还。这是因为税收征管需要保持一定的稳定性和确定性，超过追征期后的税款处理往往被视为纳税人已经接受了税务机关的征管决定，或者视为税务机关已经放弃了追征权。
二、例外情形：特定情况下可能退还
尽管存在上述一般原则，但在某些特定情况下，超过追征期补缴的税款也可能被退还。这些特定情况通常包括：
税务机关责任导致：如果因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求补缴税款，但是不得加收滞纳金。虽然这一条款主要规定的是税务机关的责任和补缴期限，但在某些极端情况下，如果税务机关明确承认其责任，并同意退还因责任导致的多缴税款，那么超过追征期补缴的税款也有可能被退还。不过，这种情况非常罕见，且需要严格的证据支持。
纳税人计算错误等失误导致：因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。这里的“特殊情况”通常指的是数额较大等情形。然而，这一条款主要规定的是因纳税人失误导致的税款追征问题，并不直接涉及税款退还。但在实际操作中，如果纳税人能够证明其补缴的税款是由于计算错误等失误导致的，并且税务机关也认可这一事实，那么在某些情况下，税务机关可能会考虑退还部分或全部税款。不过，这同样需要严格的证据支持和税务机关的同意。
税收政策调整或法律变更：在极少数情况下，税收政策的调整或法律的变更可能导致原本需要补缴的税款不再需要补缴，或者已经补缴的税款可以退还。例如，如果新的税收政策明确规定了对某些特定情况下的税款进行减免或退还，那么纳税人就有可能根据这一政策获得税款的退还。
三、法律建议
保留证据：如果纳税人认为自己在超过追征期后补缴的税款存在退还的可能性，应当尽可能保留相关的证据和文件，如税务机关的通知、补缴税款的凭证、计算错误的证明等。
咨询税务机关：在尝试申请税款退还之前，纳税人可以先咨询当地的税务机关，了解具体的政策和操作流程。税务机关会根据纳税人的具体情况和相关的税收政策给出明确的答复。
寻求法律帮助：如果纳税人与税务机关在税款退还问题上存在争议，可以寻求专业的法律帮助。律师可以根据纳税人的具体情况和相关的法律法规，为纳税人提供合理的法律建议和解决方案。
总结来说，超过追征期补缴的税款在一般情况下是不能退还的，但在特定情况下（如税务机关责任、纳税人计算错误等失误且得到税务机关认可、税收政策调整或法律变更等）可能存在退还的可能性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。