针对您提出的问题，基本农田上建有非法建筑且余下部分荒废多年，可能涉及以下法律责任和罪名：
非法占用农用地罪：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条的规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
- 分析：在您描述的情况中，基本农田属于农用地范畴。若建设的5亩非法建筑确实改变了土地用途，且造成了基本农田的大量毁坏（如硬化地面、破坏土壤结构等），则可能构成非法占用农用地罪。同时，余下部分荒废多年，若也因非法占用行为导致土地无法耕种或严重退化，同样可能被视为毁坏农用地的行为。
关于荒废土地的法律责任：
- 法律依据：虽然直接的罪名可能主要针对非法占用和毁坏土地的行为，但荒废土地也可能违反土地管理法规，如《中华人民共和国土地管理法》中关于土地保护和合理利用的规定。
- 分析：荒废土地本身不直接构成犯罪，但如果是由于非法占用或破坏行为导致的荒废，且该行为已构成犯罪，则荒废状态可能作为犯罪后果的一部分被考量。此外，若荒废土地导致土地资源浪费或生态环境破坏，相关责任人还可能面临行政处罚或民事赔偿责任。
其他可能的法律责任：
- 行政处罚：除了刑事责任外，非法占用和毁坏土地的行为还可能受到行政处罚，如罚款、责令恢复土地原状等。
- 民事赔偿：如果非法占用和毁坏土地的行为给其他土地使用者或所有者造成了损失，相关责任人还可能面临民事赔偿责任。
针对您情况的具体建议：
- 立即停止违法行为：如果目前仍存在非法占用或破坏土地的行为，应立即停止，并采取措施恢复土地原状。
- 咨询专业律师：由于此类案件涉及复杂的法律问题和证据收集，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
- 配合调查：如果相关部门已经介入调查，应积极配合，如实说明情况，并提供相关证据材料。
最后需要强调的是，法律责任的判定需要综合考虑多种因素，包括非法占用的土地面积、毁坏程度、行为人的主观故意等。因此，在具体案件中，应由司法机关根据相关证据和法律规定进行判定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。