结论：正式员工旷工三天是否算自离，并非由法律直接规定，而是主要取决于用人单位的规章制度。若规章制度合法有效且明确规定了旷工三天的后果，则公司可据此解除劳动合同；否则，公司不能随意将旷工三天的员工视为自动离职。
一、法律层面分析
法律无明确规定：
- 我国《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》中，并未直接规定旷工多少天即构成自动离职。因此，不能仅凭旷工三天就直接认定劳动者自动离职。
劳动合同解除条件：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位有权解除劳动合同。但“严重违反”的具体标准需由用人单位的规章制度来界定。
二、用人单位规章制度层面分析
规章制度的制定与效力：
- 用人单位有权制定规章制度，但这些制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向劳动者公示或告知。
- 合法有效的规章制度可以作为确定双方权利义务的依据。
旷工规定的设定：
- 若用人单位在规章制度中明确规定旷工三天属于严重违反规章制度的行为，且该规定合法有效，则用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以劳动者严重违反规章制度为由解除劳动合同。
- 例如，某公司规章制度中规定：“员工连续旷工3天或一年内累计旷工5天，视为严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同。”在此情况下，若员工旷工三天，公司即可依据此规定解除劳动合同。
规章制度无此规定或规定不合法：
- 若规章制度无此规定或规定不合法（如未经民主程序制定、未向劳动者公示等），则用人单位不能仅凭旷工三天就认定劳动者自动离职。
- 在这种情况下，用人单位应依据相关法律法规来处理员工的旷工行为，例如给予警告、罚款、降职等纪律处分，直至依法解除劳动合同。
三、实际操作建议
对于劳动者：
- 应严格遵守公司的规章制度，按时出勤，以维护自身的合法权益。
- 若认为公司规章制度中存在不合理或不合法的条款，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
对于用人单位：
- 应制定合法有效的规章制度，并确保其内容合理、经过民主程序制定且已向劳动者公示。
- 在处理旷工问题时，应依据规章制度进行，避免违法解除劳动合同的法律风险。例如，在解除劳动合同前，应确保已履行了必要的程序，如通知工会、听取劳动者意见等。
四、可能产生的法律后果
若用人单位违法解除劳动合同：
- 劳动者有权要求继续履行劳动合同或要求支付二倍经济补偿金。
- 例如，若用人单位未依据合法有效的规章制度解除劳动合同，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付违法解除劳动合同的赔偿金。
若劳动者自动离职：
- 用人单位应依法妥善处理相关手续及工资结算等问题，不得随意克扣员工工资。
- 劳动者自动离职后，若给用人单位造成损失的，用人单位有权要求劳动者承担赔偿责任。
综上所述，正式员工旷工三天是否算自离，需根据用人单位的规章制度及法律规定来判断。用人单位在制定和执行规章制度时，应确保其合法性和有效性，以保障双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。