在职员工注册公司确实存在被发现的风险，并且伴随一系列法律风险，需谨慎对待。以下是对此问题的详细分析：

被发现的途径

1. 主动披露：如果公司规章制度明确要求员工报告兼职、投资或注册公司等情况，那么主动披露自然会导致公司知晓。

2. 公司内部调查或审计：公司可能会进行合规审查、审计或调查，这些活动可能涉及员工的商业活动，从而发现员工注册公司的情况。

3. 举报与信息公开：同事或竞争对手可能因各种原因（如竞争、不满等）进行举报。同时，公司注册信息属于公开信息，可通过国家企业信用信息公示系统等渠道查询，容易被公司管理层或相关部门发现。

4. 业务关联与资源使用：如果新注册的公司与现任职公司业务存在关联或竞争关系，或者使用了工作相关的资源（如办公地址、电话、邮箱等），这将大大增加被发现的风险。

法律风险分析

1. 竞业限制与商业秘密：如果新公司与原公司存在业务竞争或冲突，或者员工在新公司中从事与原公司业务相关的工作，可能违反竞业限制协议或泄露商业秘密，从而引发法律纠纷。

2. 劳动合同与公司规章：注册公司可能违反劳动合同中关于兼职、投资等条款，或者违反公司规章制度，导致合同违约或受到违纪处理。

建议与措施

1. 查阅规定：在注册公司前，务必仔细查阅劳动合同及公司规章制度，确保自己的行为合规，不违反任何规定。

2. 法律咨询：作为专业律师，我建议你咨询我以了解相关法律法规、竞业限制及潜在风险点，确保自己的行为合法合规。

3. 谨慎行事：避免使用工作相关资源，确保新公司与原公司业务无不当关联或竞争，以降低被发现的风险。

4. 合规披露：如果公司有相关规定要求员工报告注册公司情况，应按照要求主动披露，以避免不必要的麻烦。

举例说明：假设你在一家科技公司工作，同时注册了一家与科技公司业务相似的公司。如果你使用了科技公司的办公地址或电话作为新公司的联系方式，或者在新公司中从事了与科技公司业务相关的工作，那么这些行为很可能被科技公司发现，并可能引发法律纠纷。

综上所述，在职期间注册公司需充分考虑法律风险与实际操作中的被发现风险。通过谨慎行事、合规操作及必要的法律咨询，你可以有效降低风险，保护自身合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。