核心结论：针对自家土地被邻地树木侵占的问题，您可通过协商、行政投诉或民事诉讼三种途径解决，具体选择需结合树木侵占程度、对方配合意愿及证据情况综合判断。以下是具体分析：
一、协商解决（优先推荐）
法律依据
根据《民法典》第2八十八条，不动产相邻权利人应正确处理相邻关系，不得违反规定排放污染物、噪声或侵占他人土地。树木根系或枝叶越界属于典型相邻权纠纷，您有权要求对方停止侵害。
操作步骤
- 固定证据：拍摄树木越界照片（需显示地界标识）、录像（记录树木生长范围），必要时委托测绘机构出具《土地侵界测量报告》。
- 书面通知：向对方发送《停止侵害通知书》，明确要求其限期修剪树木或移除越界部分，并保留送达凭证（如邮寄回执、微信记录）。
- 协商方案：可提出由对方自行处理，或双方共同承担移除费用，甚至通过置换土地、补偿损失等方式达成和解。
二、行政投诉（适合对方拒不配合且侵占严重的情况）
投诉对象
向当地自然资源局（原国土局）或农业农村局提交书面投诉材料，附上土地权属证明（如《集体土地使用证》《宅基地证》）及侵界证据。
处理流程
- 行政部门会派员现场勘查，确认树木是否越界及侵占面积。
- 若认定侵权，可依据《土地管理法》第77条责令对方限期改正；逾期不改正的，可强制清除并处以罚款。
- 注意：行政处理不收费，但周期可能较长（通常1-3个月），且对轻微侵占（如少量枝叶越界）可能不予立案。
三、民事诉讼（终极解决途径）
起诉条件
- 对方明确拒绝协商或行政处理后仍不改正；
- 树木侵占导致您土地无法正常使用（如影响农作物生长、房屋安全等）；
- 能提供充分证据证明侵占事实及损失金额（如土地租金损失、移除费用等）。
诉讼流程
- 立案：向被告所在地或侵权行为地法院提交《民事起诉状》，附上土地权属证明、侵界证据、损失计算依据。
- 审理：法院会组织现场勘验，必要时委托鉴定机构评估树木对土地的影响程度。
- 判决：若认定侵权，法院可判决对方停止侵害、排除妨碍（移除树木）、赔偿损失（如土地收益减少、移除费用等）。
四、关键风险提示
- 证据保留：所有沟通记录（协商、投诉、诉讼）均需书面化，避免口头约定；树木移除前务必保留现场照片，防止对方反诉“您破坏其财产”。
- 合理主张：若树木仅少量枝叶越界且未造成实际损失，法院可能仅支持修剪而非移除，主张赔偿时需提供具体损失依据（如土地租金标准）。
- 执行问题：若对方拒不履行判决，可申请法院强制执行，但需预留合理履行期限（通常15-30日）。
建议行动顺序：先协商（低成本）→协商不成投诉（行政介入）→投诉无果起诉（法律强制）。具体选择需结合树木侵占程度、对方态度及您的时间成本综合判断。如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。