医疗机构为代孕者提供分娩服务，将面临行政处罚、民事赔偿以及可能的刑事责任追究，具体处罚需结合实际情况判断。以下从不同法律角度展开分析：
1. 行政处罚层面
根据《人类辅助生殖技术管理办法》和《人类辅助生殖技术规范》，医疗机构和医务人员不得实施任何形式的代孕技术。若医疗机构为代孕者提供分娩服务，属于违规开展人类辅助生殖技术，卫生行政部门将依据《医疗机构管理条例》第四十七条、第四十八条，对其作出警告、没收违法所得、罚款（通常为违法所得2-10倍，无违法所得则处3000元以下罚款）、吊销《医疗机构执业许可证》等处罚；对直接负责的主管人员和其他责任人员，依法给予行政处分。
2. 民事赔偿层面
若代孕过程中因医疗机构过错（如医疗事故、操作不当）导致代孕者或新生儿人身损害，医疗机构需承担民事赔偿责任。依据《民法典》第一千二百一十八条，患者因医疗机构或医务人员过错受损的，医疗机构应赔偿医疗费、护理费、残疾赔偿金等费用。需注意，代孕行为本身因违反公序良俗，相关民事合同（如代孕协议）通常被认定为无效，但医疗机构若存在过错，仍需对实际损害承担责任。
3. 刑事责任层面
若医疗机构为代孕者提供分娩服务时，存在伪造、变造出生医学证明，或与代孕者、中介机构共同实施拐卖儿童、非法行医等犯罪行为，相关责任人可能被追究刑事责任。例如：
4. 特殊情形说明
若医疗机构在不知情的情况下为代孕者提供分娩服务（如代孕者隐瞒身份），且无其他违法行为，通常不承担行政或刑事责任，但仍需配合调查。若医疗机构明知代孕仍提供服务，则处罚力度会加重，且可能面临行业禁入等联合惩戒措施。
建议：医疗机构应严格遵守法律法规，杜绝代孕相关服务；若已涉及此类纠纷，建议立即停止违法行为，主动向卫生行政部门报告，并配合调查以减轻处罚。如有进一步法律问题，可直接向我咨询。