拘三缓六确实会留下案底。以下是对这一问题的详细分析：
案底的定义与性质：
- 案底，通常指的是某人过去犯法或犯罪行为的记录，在我国法律体系中，它特指有过刑事犯罪前科的档案记录。这些记录一般由公安部门保存，并作为对犯罪嫌疑人、被告人进行定罪量刑时的参考依据。
拘役与缓刑的法律含义：
- 拘役是刑事处罚的一种形式，意味着被法院判定有罪并受到相应的刑罚。在拘役期间，犯罪分子会被剥夺一定期限的自由，并接受教育和劳动改造。
- 缓刑则是一种特殊的刑罚执行方式，即在一定的考验期内，如果犯罪分子遵守相关规定，原判的刑罚将不再执行。但缓刑的适用并不改变其犯罪事实和罪名的存在，也不意味着犯罪记录被消除。
拘三缓六与案底的关系：
- 一旦被法院判定有罪并判处拘役（即使后续适用缓刑），都会在公安机关、法院等相关司法机关留下犯罪记录档案，即形成案底。这是因为拘役本身就是一种刑事处罚，而缓刑只是改变了刑罚的实际执行方式，并不影响犯罪记录的生成。
案底的影响：
- 案底的存在可能会对个人产生长远影响，特别是在入伍、报考军警院校、就业（特别是某些特定职业如公务员、安保、金融等岗位）时，可能会因犯罪记录而受到限制或歧视。因此，即使被判处缓刑，也应认真对待，遵守相关规定，努力改过自新。
特殊情况下的考虑：
- 对于未成年人被判处拘役三个月缓刑六个月的情况，虽然同样会留下案底，但根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪时不满十八周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。这种封存并非消除犯罪记录，而是对其进行严格保密，以减少对未成年人未来学习、生活和工作的不利影响。
总结与建议：
拘三缓六确实会留下案底，这一犯罪记录将对个人的未来产生诸多潜在影响。因此，建议公众在日常生活中严格遵守法律法规，避免触犯刑律。如果不幸涉及刑事案件，应积极配合司法机关的工作，认真接受改造，并努力争取缓刑等从轻处理的机会。同时，对于未成年人犯罪记录的封存制度，也应给予足够的重视和了解，以维护未成年人的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。