结论：在限速40公里的路段开到60多公里，属于超速行驶50%以上，这一行为违反了交通法规。通常情况下，此类超速行为将面临200元以上2000元以下的罚款，并可能伴随扣分和吊销驾驶证的处罚，具体罚款1000元是否合法，需结合当地的具体执行标准来判断。

详细分析：

1. 超速行为的认定与处罚依据：

   • 超速比例计算：（60-40）÷40×100%=50%，即车辆行驶速度超过了规定时速的50%。
   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十九条，机动车行驶超过规定时速百分之五十的，由公安机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款。
   • 同时，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车在道路上行驶超过规定时速50%以上的，将一次性扣12分。

2. 罚款金额的合法性判断：

   • 罚款金额在200元至2000元之间均为合法，具体数额由公安机关交通管理部门根据违法情节、地区差异等因素决定。
   • 若当地执行标准中，对于超速50%以上的行为，罚款设定为1000元，则这一处罚是合法的。但不同地区可能根据当地实际情况制定不同的执行标准，因此，要判断1000元罚款是否合法，需查阅当地的具体规定。

3. 可能的其他处罚：

   • 除了罚款和扣分外，根据具体情节，还可能被并处吊销机动车驾驶证。
   • 若超速行为未造成任何直接或间接的后果，并且符合新修订的交通法律法规中的特定条件，驾驶人可能只会收到公安交管部门的警告处分，但这种情况较为特殊，并非普遍规则。

4. 地区差异与执行标准：

   • 不同地区对于交通违法行为的具体执行标准可能会存在一定差异，包括罚款金额、扣分标准以及是否吊销驾驶证等。
   • 因此，在实际操作中，建议驾驶员以当地交管部门的规定和实际处罚为准。

5. 安全警示与建议：

   • 超速行驶不仅违法，而且极大地增加了交通事故的风险，对自己和他人的生命安全构成严重威胁。
   • 建议驾驶员严格遵守交通规则，按照限速标志行驶，确保行车安全。若收到超速处罚通知，应及时处理并缴纳罚款，以免影响个人信用记录或产生其他不必要的麻烦。

计算公式与示例（以罚款金额为例）：

• 罚款金额范围：200元 ≤ 罚款金额 ≤ 2000元
• 若当地规定超速50%以上罚款为1000元，则该罚款金额在合法范围内。

综上所述，限速40公里开到60多公里的超速行为将面临法律的严厉制裁，包括罚款、扣分以及可能的吊销驾驶证。驾驶员应时刻牢记安全第一，遵守交通规则，共同维护道路交通秩序和安全。若对具体处罚有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。