可以，别人通过柜台存款的方式将借款还给你，在法律和操作层面都是可行的。以下从不同角度为你详细分析：
法律层面：
- 还款方式合法性：法律并未限定还款的具体方式，只要还款行为能够证明借款已归还，无论是现金还款、转账还款还是通过柜台存款还款，都是合法有效的。柜台存款作为一种还款方式，只要能够留下相应的存款凭证（如存款回单），就可以作为还款的证据。
- 证据效力：柜台存款时，银行会提供存款回单，上面会明确记载存款金额、存款时间、存款人等信息。这份回单是证明还款事实的重要证据，可以在必要时用于维护你的权益。
操作层面：
- 操作流程：别人可以携带现金或银行卡到银行柜台，以你的名义进行存款。在存款时，需要填写存款单，并注明你的姓名和账号（如果知道的话）。如果不知道你的账号，也可以选择无卡存款（部分银行支持），但需要确保姓名准确无误。
- 注意事项：为了确保还款的准确性和避免纠纷，建议在存款时与对方一同前往银行，或者让对方在存款后及时将存款回单拍照或复印给你。这样，你可以确认还款金额和时间，并在需要时作为证据使用。
风险防范：
- 确认还款事实：虽然柜台存款是一种相对安全的还款方式，但为了确保万无一失，建议在收到存款回单后，及时查询你的银行账户，确认款项已到账。
- 保留证据：除了存款回单外，还可以考虑让对方出具一份书面还款确认书，明确还款金额、时间和方式。这样，在发生纠纷时，你可以有更多的证据来支持你的主张。