违反《村民委员会组织法》的处理方式需根据具体违法情形、主体及后果综合判断，主要分为以下几种情形：

1. 村民委员会成员违法行为的处理

• 违法情形：包括滥用职权、侵占集体财产、挪用公款、违反选举程序、打击报复举报人等。
• 处理方式：
  • 村民会议或村民代表会议罢免：根据《村民委员会组织法》第16条，本村五分之一以上有选举权的村民或三分之一以上村民代表联名，可提出罢免要求，经村民会议或村民代表会议过半数通过后生效。
  • 行政处分或刑事责任：若违法行为涉嫌贪污、受贿、职务侵占等犯罪，依法移送司法机关追究刑事责任；若尚不构成犯罪，由乡镇人民政府或县级人民政府相关部门给予行政处分（如警告、记过、撤职等）。
  • 民事赔偿：若违法行为造成集体或村民损失，需依法承担民事赔偿责任。

2. 选举过程中违法行为的处理

• 违法情形：包括贿选、伪造选票、暴力干扰选举、破坏选举秩序等。
• 处理方式：
  • 选举无效宣告：根据《村民委员会组织法》第17条，选举违反法定程序或存在舞弊行为，经乡镇人民政府调查核实后，可宣布选举无效，并组织重新选举。
  • 行政处罚：对参与违法选举的个人或组织，由公安机关依据《治安管理处罚法》给予罚款、拘留等处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

3. 村民委员会决策违法或侵犯村民权益的处理

• 违法情形：包括违反法定程序决策、超越职权范围、侵害村民土地承包经营权、宅基地使用权等。
• 处理方式：
  • 乡镇人民政府责令改正：根据《村民委员会组织法》第36条，乡镇人民政府对村民委员会的违法行为有权责令改正，必要时可建议撤销或变更相关决定。
  • 村民申请法院撤销：村民认为村民委员会决定侵犯其合法权益，可向法院提起诉讼，请求撤销该决定（需在知道决定之日起1年内提出）。
  • 行政复议或诉讼：若村民委员会的决定涉及行政行为（如土地征收补偿分配），村民可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

4. 村民委员会不履行法定义务的处理

• 违法情形：包括不公开村务、不接受村民监督、不协助政府开展工作等。
• 处理方式：
  • 乡镇人民政府督促整改：乡镇人民政府可要求村民委员会限期公开村务或履行其他义务，逾期未整改的，可对相关责任人给予处分。
  • 村民举报与监督：村民可向乡镇人民政府或县级监察委员会举报，由相关部门调查处理。

5. 其他主体违法干预村民自治的处理

• 违法情形：包括乡镇政府越权干预村民委员会选举、强制推行不合理政策、截留集体财产等。
• 处理方式：
  • 上级政府责令改正：县级人民政府可责令乡镇政府纠正违法行为，并对直接责任人给予处分。
  • 行政诉讼：村民委员会或村民可就乡镇政府的违法干预行为提起行政诉讼，要求确认行为违法并赔偿损失。

总结：违反《村民委员会组织法》的处理需结合具体行为性质、主体及后果，通过罢免、行政处分、刑事追责、民事赔偿、选举无效宣告、法院撤销决定等多种途径实现。若您遇到具体案件，可进一步提供细节，我将为您分析法律适用及维权策略。