关于辞去科长职务后能否保留待遇的问题，这主要取决于您与单位签订的劳动合同、单位规章制度以及相关法律法规的具体规定，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：

1. 劳动合同与单位规章制度：

   • 劳动合同约定：首先，您需要查看与单位签订的劳动合同中是否有关于职务变更后待遇保留的明确约定。如果合同中有相关条款，那么双方应按照合同约定执行。
   • 单位规章制度：其次，单位内部的规章制度也可能对职务变更后的待遇问题有所规定。如果规章制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么也应按照规章制度执行。

2. 相关法律法规：

   • 职务与待遇的关联性：一般来说，职务与待遇是相关联的。当您辞去科长职务时，如果单位没有另行安排其他职务，或者新职务的待遇低于原职务，那么您的待遇可能会相应调整。
   • 特殊情况下的待遇保留：在某些特殊情况下，如您因健康原因、家庭原因等暂时辞去职务，且单位同意保留您的待遇，或者您与单位有特别约定，那么您可能能够保留部分或全部待遇。但这种情况需要具体分析，且通常需要有明确的书面约定。

3. 实际操作建议：

   • 与单位协商：如果您希望辞去科长职务后保留待遇，建议您首先与单位进行协商，明确双方的权利和义务。
   • 签订书面协议：如果协商达成一致，建议您与单位签订书面协议，明确约定职务变更后的待遇问题，以避免后续纠纷。
   • 了解法律法规：在协商过程中，您也可以了解相关法律法规的规定，以确保自己的权益得到保障。

可能面临的法律后果：

• 如果单位未经您同意擅自降低您的待遇，您可能有权依据劳动合同或相关法律法规向单位主张权益，包括要求补发工资、经济补偿等。
• 如果您与单位就待遇问题发生争议，且无法协商解决，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。

总结与建议：

• 辞去科长职务后能否保留待遇，取决于多种因素，包括劳动合同、单位规章制度以及相关法律法规的规定。
• 建议您在辞去职务前与单位进行充分沟通，明确双方的权利和义务，并尽可能签订书面协议以保障自己的权益。
• 如果您在职务变更过程中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。