当员工在医疗期满后被公司辞退时，其补偿方式主要依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规来确定。以下是对这一问题的详细解答：

一、合法解除劳动合同的情形及补偿

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条，当员工患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作时，用人单位在履行提前通知或支付代通知金的义务后，可以解除劳动合同。

2. 经济补偿：

   • 经济补偿金的计算标准为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

3. 代通知金：

   • 如果用人单位没有提前三十日以书面形式通知劳动者本人就解除劳动合同，那么除了经济补偿金外，还需要额外支付劳动者一个月工资作为代通知金。

二、违法解除劳动合同的情形及赔偿

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，若公司未遵循法定程序即直接辞退员工，则构成违法解除劳动合同。

2. 赔偿金：

   • 赔偿金为经济补偿标准的两倍。即按照劳动者在本单位工作年限，每满一年支付两个月工资的标准向劳动者支付赔偿金。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金的两倍。

三、特殊情况下的补偿

• 医疗补助费：在某些情况下，如劳动者经劳动能力鉴定委员会确认不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位除了支付经济补偿金和代通知金外，还可能需要根据劳动者的实际情况支付一定的医疗补助费。但这一规定并非所有地区都执行，且具体标准可能因地区而异。

四、实际操作建议

1. 了解当地政策：由于不同地区的劳动法规可能存在差异，因此在实际操作中，建议用人单位和劳动者都先了解当地的具体政策和规定。
2. 保留相关证据：无论是用人单位还是劳动者，在处理此类问题时都应保留好相关证据，如医疗证明、劳动合同、工资单等，以便在发生争议时能够维护自己的合法权益。
3. 协商解决：在可能的情况下，双方可以通过协商的方式解决争议，避免不必要的法律纠纷。
4. 咨询专业律师：鉴于劳动法律关系的复杂性，建议在处理此类问题时咨询专业律师，以确保权益得到充分保护。

综上所述，当员工在医疗期满后被公司辞退时，其补偿方式取决于公司解除劳动合同的合法性。如果是合法解除，公司需支付经济补偿金和可能的代通知金；如果是违法解除，公司则需支付赔偿金。在处理此类问题时，建议双方了解当地政策、保留相关证据，并在必要时咨询专业律师。