政府对村干部扣留村民补偿款的处理方式主要取决于具体情节和法律规定，通常包括以下几种情况：

1. 行政调查与责令改正
   若村干部扣留补偿款的行为属于行政违法行为（如违反《村民委员会组织法》或地方补偿款发放规定），乡镇政府或县级农业农村部门会启动调查程序。经查实后，政府会责令村干部限期发放扣留款项，并可能对相关责任人进行通报批评或行政处分。例如，若扣留行为涉及挪用、截留专项补偿资金，政府可依据《财政违法行为处罚处分条例》追究责任。

2. 刑事追责
   若扣留行为涉嫌犯罪（如贪污、职务侵占或挪用公款），政府会将案件移送公安机关立案侦查。根据《刑法》第271条（职务侵占罪）或第384条（挪用公款罪），村干部可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。例如，若村干部将补偿款用于个人赌博或投资，且数额较大，即可能构成犯罪。

3. 民事救济途径
   村民可通过民事诉讼要求村干部返还扣留款项，并主张利息或赔偿损失。法院会根据《民法典》第985条（不当得利返还）或第1165条（侵权责任）判决村干部承担民事责任。若村集体作为被告，村民可联合提起集体诉讼，降低维权成本。

4. 监督与问责机制
   政府会通过审计、巡查等方式加强对村级财务的监督。若发现村干部长期扣留补偿款或存在系统性违规，可能启动问责程序，包括罢免村干部职务、追缴违法所得，并纳入基层治理“黑名单”公示。

建议行动步骤：

• 村民应首先收集证据（如补偿款发放通知、扣留记录、证人证言等），向乡镇政府或县级农业农村部门书面举报；
  
• 若政府未及时处理，可向上级纪委监委或检察机关反映线索；
  
• 同步咨询律师准备民事诉讼材料，通过法律途径强制执行返还。
  

温馨提示：补偿款涉及村民基本权益，政府对此类行为零容忍。若您或身边人遇到此类问题，可直接向我提供具体细节（如扣留金额、时间、村干部身份等），我会进一步分析法律风险并给出针对性建议。