核心结论：兵工厂设置涉密岗位，要求员工父母提供无犯罪证明的处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若兵工厂属于国家保密单位，且涉密岗位涉及国家秘密：

   • 根据《中华人民共和国保守国家秘密法》及相关配套规定，国家保密单位在招聘涉密岗位人员时，有权对拟录用人员的家庭背景进行政治审查，以确保其忠诚可靠，不会因家庭成员的犯罪记录等因素对国家秘密安全构成威胁。
   • 在此情况下，兵工厂要求员工父母提供无犯罪证明是合法且合理的。员工应积极配合，协助父母按照兵工厂的要求，向户籍所在地的公安机关申请出具无犯罪记录证明。
   • 若父母因特殊原因（如已故、失踪等）无法提供无犯罪证明，员工应及时向兵工厂说明情况，并提供相关证明材料，以便兵工厂根据实际情况进行综合评估。

2. 若兵工厂非国家保密单位，或涉密岗位不涉及国家秘密：

   • 在此情况下，兵工厂要求员工父母提供无犯罪证明可能缺乏明确的法律依据。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国就业促进法》的相关规定，劳动者享有平等的就业权利，用人单位不得以与工作无关的理由对劳动者进行歧视或设置不合理的就业条件。
   • 若员工认为兵工厂的要求不合理或侵犯了其合法权益，可以与兵工厂进行协商，要求其取消或修改相关要求。若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

额外建议：

• 对于兵工厂而言，在设置涉密岗位招聘条件时，应确保符合相关法律法规的规定，避免设置不合理的就业条件或侵犯劳动者的合法权益。
• 对于员工而言，在应聘涉密岗位时，应了解并遵守兵工厂的相关规定和要求，积极配合政审工作。同时，也应关注自己的合法权益是否得到保障，如有疑问或争议，应及时寻求法律帮助。