项目建设期收到的汛期保险赔付款在赔付相关单位后，剩余款项的处理需根据保险合同约定、项目财务制度及法律法规综合判断，具体处理方式如下：

1. 优先依据保险合同约定处理
   保险合同是处理赔付款的核心依据。若合同明确约定“赔付款需专项用于修复受损项目或支付相关单位费用，剩余部分归投保人所有”，则剩余款项可由投保人（通常是项目建设方）自行支配，但需符合合同用途限制（如不得挪作他用）。若合同未明确约定剩余款项归属，则需结合其他规则处理。

2. 符合项目财务制度时，可纳入项目资金统筹使用
   若剩余款项属于项目建设期资金范畴，且项目财务制度允许（如未违反专款专用规定），可将剩余款项用于项目其他合理支出（如补充流动资金、支付未结工程款等）。但需注意：

   • 需保留完整的资金使用记录，避免被认定为“挪用保险赔款”；
     
   • 若项目涉及政府投资或专项补贴，需提前确认是否违反资金使用限制。
     

3. 需排除“不当得利”或“重复赔偿”风险
   若相关单位已通过其他途径（如政府救助、其他保险）获得补偿，而保险赔付款中已包含对其的赔付，剩余款项可能涉及“重复赔偿”问题。此时需：

   • 核对相关单位的实际损失与已获赔偿金额，确保保险赔付未超额；
     
   • 若存在超额赔付，剩余款项可能需退还保险公司或调整分配方案。
     

4. 税务合规处理
   剩余款项若作为收入，需依法申报纳税（如企业所得税）。若款项用于项目支出，需确保支出符合税法规定的抵扣条件（如取得合法票据）。

建议操作步骤：

1. 审查保险合同条款，明确赔付款用途及剩余款项归属；
   
2. 梳理相关单位的赔付记录，确认无重复赔偿；
   
3. 根据项目财务制度及税务要求，合规使用剩余款项；
   
4. 保留所有资金使用凭证，以备审计或核查。
   

若对具体操作或合同条款有疑问，可进一步向我说明细节，我会结合实际情况提供更精准的建议。