用自己的公司替别人代开发票三十多万并收取好处费是违法的，且会面临严重的法律后果。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律定性

1. 虚开发票行为：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。用自己的公司替别人代开发票，显然属于虚开发票的行为。

2. 非法经营行为：

   • 收取好处费进行代开发票，还可能构成非法经营罪。如果这种行为扰乱了市场秩序，且情节严重，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能会被处以有期徒刑、拘役或者罚金等刑罚。

二、法律后果

1. 行政处罚：

   • 税务机关会对此类行为进行严厉的处罚，包括没收违法所得、罚款等。罚款的数额通常根据虚开发票的金额和情节严重程度来确定，可能高达数十万甚至更多。

2. 刑事责任：

   • 如果虚开发票的金额较大或者情节严重，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一的规定，虚开发票情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

3. 信用受损：

   • 此类行为还会对公司的信用造成严重影响，可能导致公司在未来的经营活动中受到诸多限制，如无法参与政府采购、无法获得银行贷款等。

三、具体影响

1. 对公司的影响：

   • 公司可能面临税务稽查、行政处罚甚至刑事追究，导致公司声誉受损，业务受阻，甚至可能面临破产清算的风险。

2. 对个人的影响：

   • 作为直接责任人员，你可能面临行政处罚甚至刑事追究，个人信用受损，未来就业和职业发展都会受到严重影响。

四、建议与措施

1. 立即停止违法行为：

   • 如果你已经实施了此类行为，应立即停止，并主动向税务机关说明情况，争取从轻处理。

2. 配合调查与整改：

   • 积极配合税务机关的调查工作，如实提供相关资料和证据，按照税务机关的要求进行整改，以减轻法律后果。

3. 加强法律意识与合规管理：

   • 公司应加强对员工的法律培训，提高法律意识，确保公司经营活动合法合规。同时，建立健全的合规管理制度，防范类似风险的发生。

总结来说，用自己的公司替别人代开发票三十多万并收取好处费是违法的，且会面临严重的法律后果。如果你或你的公司涉及此类问题，请务必及时向我咨询，以便得到专业的法律建议和帮助。