结论：在投资协议中明确规定实用操作技术入股作价100万元，这一做法本身并不违法，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。

分析说明：

1. 技术入股的合法性基础：

   • 根据《公司法》及相关法律法规，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。实用操作技术，如果具备可估价性和可转让性，理论上是可以作为非货币财产出资的。

2. 作价100万元的合法性考量：

   • 评估问题：虽然技术入股本身合法，但关键在于如何确定其价值。如果实用操作技术无法通过常规评估方法确定其价值，那么在投资协议中直接规定作价100万元，需要确保这一作价是双方真实意思表示，且没有损害其他股东或公司的利益。
   • 公平性原则：作价应当遵循公平、合理的原则，反映技术的真实价值。如果作价过高或过低，都可能引发法律纠纷或影响公司的正常运营。
   • 公司章程与股东协议：公司章程或股东协议中可以约定非货币财产出资的具体方式和作价方法。因此，在投资协议中明确规定实用操作技术入股作价100万元，如果符合公司章程和股东协议的规定，且经过全体股东或相关方的同意，是合法的。

3. 潜在风险与防范：

   • 价值争议：由于技术价值的难以评估性，未来可能因技术价值的变化或评估方法的差异而引发争议。因此，建议在投资协议中明确技术价值的评估方法和争议解决机制。
   • 税务问题：技术入股可能涉及税务问题，如增值税、所得税等。双方应咨询专业税务机构，确保税务处理的合规性。
   • 法律合规性：确保技术入股不违反任何法律法规，特别是关于技术转让、知识产权保护等方面的规定。

法律建议：

• 明确评估方法：在投资协议中明确实用操作技术的评估方法，可以约定由双方共同认可的第三方机构进行评估，或者约定一个合理的评估标准和程序。
• 完善协议条款：投资协议中应详细规定技术入股的具体条款，包括技术的描述、作价依据、权利归属、使用限制、保密义务等，以避免未来可能出现的争议。
• 咨询专业机构：在签订投资协议前，建议咨询专业的法律机构和税务机构，确保技术入股的合法性和税务处理的合规性。

后续行动建议：

• 如果双方已经就实用操作技术入股作价100万元达成一致，并准备签订投资协议，建议仔细审查协议条款，确保所有条款都符合法律法规和双方的真实意思表示。
• 如果在协议签订或履行过程中遇到任何法律问题或争议，应及时向我咨询，以便得到专业的法律支持和解决方案。