核心结论：协议约定以没有产权的厂房出资，在后续进行股权转让时会面临诸多法律风险和复杂情况，需要分情况处理，具体如下：

1. 出资协议效力及出资瑕疵问题

   • 出资协议效力：以没有产权的厂房出资，该出资协议本身可能存在效力瑕疵。根据《公司法》及相关司法解释，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额，以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。没有产权的厂房无法完成合法的财产权转移，从严格意义上讲，这种出资行为不符合法律规定，可能会被认定为出资不实或未依法全面履行出资义务。
   • 出资瑕疵后果：若其他股东能证明该出资行为存在瑕疵，在股权转让时，受让方可能会以此为由要求降低股权转让价格或者主张转让协议无效、可撤销等。例如，受让方可能认为由于出资存在瑕疵，公司的实际资产和经营状况与预期不符，自己受到了欺诈或误导，从而拒绝按照原定价格受让股权。

2. 股权转让时的处理方式

   • 补正出资瑕疵：在股权转让前，出资方可以尝试补正出资瑕疵。比如，通过与厂房的合法权利人协商，取得厂房的产权或者获得合法的使用权授权，并依法办理相关的财产权转移手续，将厂房合法地纳入公司资产。完成补正后，股权转让就可以基于合法的出资基础进行，减少法律风险。
   • 如实披露出资情况：如果无法补正出资瑕疵，在股权转让过程中，出资方（转让方）应当向受让方如实披露以没有产权厂房出资的情况，包括无法取得产权的原因、可能面临的法律风险等。受让方在充分了解情况后，可以自行评估风险并决定是否受让股权以及确定合理的转让价格。双方可以在股权转让协议中明确约定因出资瑕疵产生的责任承担方式，例如约定由转让方承担因出资瑕疵导致公司或其他股东遭受损失的赔偿责任。
   • 其他股东同意与优先购买权：根据《公司法》，有限责任公司的股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意，其他股东在同等条件下有优先购买权。在以没有产权厂房出资的情况下进行股权转让，同样需要遵循这一规定。其他股东可能会因为出资瑕疵问题对股权转让提出异议或行使优先购买权，转让方需要妥善处理与其他股东的关系，确保股权转让的顺利进行。

3. 对公司和债权人的影响及应对

   • 对公司的影响：以没有产权的厂房出资会导致公司资产不实，影响公司的正常经营和发展。在股权转让后，新的股东可能会因为公司资产问题而面临经营困难或法律纠纷。公司可以通过内部决议等方式，要求原出资方承担相应的责任，弥补公司因出资瑕疵遭受的损失。
   • 对债权人的影响：如果公司因出资瑕疵导致无法清偿债务，债权人有权要求出资不实的股东在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。在股权转让后，债权人可能会追溯到原出资方，要求其承担责任。原出资方在股权转让时，应当与受让方明确约定债权债务的承担方式，避免因公司债务问题产生纠纷。

建议：在进行涉及以没有产权厂房出资的股权转让时，建议转让方和受让方都谨慎对待，充分了解相关法律风险，并在必要时寻求专业法律帮助，制定合理的股权转让方案和协议条款，以保障各方的合法权益。如果你还有其他关于股权转让或公司法律方面的问题，欢迎随时向我咨询。