建筑工程总包合同的补充协议是否需要备案，主要取决于原合同是否属于依法必须进行招标的项目以及补充协议的内容是否改变了原合同的实质性内容。以下是对此问题的详细分析：

1. 必须招标的工程项目：

   • 如果原建筑工程总包合同属于依法必须进行招标的项目，且补充协议改变了原合同中的实质性内容（如工程价款、工程质量、工程期限等核心条款），那么该补充协议通常需要进行备案。备案的目的是为了保证合同履行的合法性和规范性，接受相关部门的监督管理，因为这类项目往往涉及公共利益和公共安全。

2. 非必须招标的工程项目：

   • 对于不属于依法必须招标的项目的建筑工程总包合同，其补充协议是否备案没有强制性规定。双方当事人可以根据自身需求和实际情况决定是否进行备案。实践中，有的当事人为了留存资料、增强协议效力等原因会选择备案，但也有很多当事人基于便捷性等因素选择不备案。
   • 不论是否备案，只要补充协议本身是双方真实意思表示，内容合法且不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，就具有法律效力，双方应按照约定履行各自义务。

3. 中标合同与补充协议的关系：

   • 需要特别注意的是，如果中标签订的建筑工程总包合同存在补充协议，那么该补充协议不能违背中标合同的实质性内容。这是根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条所明确的。
   • 具体来说，招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同中约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，必须与中标合同一致。否则，一方当事人有权请求按照中标合同确定权利义务，并且人民法院应予支持。

4. 备案不是生效条件：

   • 最后需要强调的是，备案并不是补充协议生效的必要条件。即使补充协议没有备案，只要它是双方真实意思表示且内容合法，就对双方具有法律约束力。

实际操作建议：

• 在签订建筑工程总包合同的补充协议前，建议咨询当地建设行政主管部门或相关机构，了解具体的备案要求和流程。这有助于确保补充协议的合法性和有效性，并避免后续可能出现的纠纷和风险。
• 遵循相关法律法规和政策，确保补充协议的内容合法、真实，并符合中标合同的实质性内容。
• 如果补充协议的内容涉及变更工程范围、价款调整等重大事项，更应谨慎处理并确保符合相关规定。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。