您因“确保安全红灯允许直行”的情况下仍被罚款，可能存在以下原因，需结合具体情形分析：

1. 对“确保安全”的判断存在主观偏差
   根据《道路交通安全法实施条例》第三十八条，红灯亮时，禁止车辆通行，但右转弯车辆在不妨碍被放行车辆、行人通行的情况下可以通行（部分城市对特定路口的右转红灯有特殊限制）。若您误以为“直行”也适用此规则，或未充分观察路口环境（如未避让行人、其他方向车辆），即使自认为“确保安全”，仍可能因违反信号灯指示被处罚。
   法律依据：若监控抓拍或交警认定您存在“闯红灯”行为（即车辆在红灯亮时越过停止线并继续行驶），将面临记6分、罚款200元的处罚。

2. 地方性交通管理规定的特殊限制
   部分城市为缓解交通压力，会对特定路口的直行车辆设置额外限制（如“红灯时禁止直行，即使无冲突方向车辆”），或通过交通标志、标线明确“红灯禁止直行”。若您未注意此类地方性规定，即使认为“安全”，仍可能因违反禁令标志被处罚。
   法律依据：根据《道路交通安全法》第三十八条，车辆、行人应按照交通信号通行；遇有交通警察现场指挥时，应按照指挥通行。地方性规定若与上位法不冲突，具有法律效力。

3. 信号灯故障或误判导致处罚争议
   若信号灯实际为绿灯，但因故障显示为红灯（如灯色闪烁异常、计时器错误），或监控设备误拍（如车辆未越过停止线却被记录为“闯红灯”），您可申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销处罚。
   操作建议：保留现场照片、视频等证据，向交警部门提交书面复议申请，说明信号灯异常情况；若复议未果，可向法院起诉。

4. 对“直行”行为的法律界定存在误解
   若您在红灯亮时仅将车头探出停止线（未完全通过路口），可能被认定为“越线停车”（记2分、罚款100元）；若完全通过路口，则构成“闯红灯”。部分驾驶人误以为“车头过线即算直行”，但法律上以“是否通过停止线”为判断标准。

建议行动步骤：

1. 核对处罚决定书上的违法代码（如“1625”代表闯红灯），确认具体违法行为；
   
2. 回忆事发时信号灯状态、路口环境及自身操作细节；
   
3. 若认为处罚有误，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内向法院起诉；
   
4. 日常驾驶中，严格遵循“红灯停、绿灯行”原则，即使认为“安全”也勿心存侥幸。
   

如有进一步细节（如事发地点、信号灯类型、处罚决定书内容），可向我补充说明，我会为您分析具体法律风险。