一天不上班扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定并未授权用人单位可以因劳动者一天未上班而扣除三天的工资。

此外，如果用人单位与劳动者在劳动合同或规章制度中明确约定了“一天不上班扣三天工资”的条款，该条款也可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。因为，根据《劳动合同法》第二十六条，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的劳动合同条款无效。

实际操作角度

在实际操作中，如果用人单位确实需要因劳动者缺勤而进行一定的经济处罚，应当遵循合法、合理、公平的原则，并确保处罚措施不违反法律法规的强制性规定。例如，用人单位可以按照劳动者实际缺勤的天数来扣除相应的工资，或者根据劳动合同的约定和规章制度的规定，对劳动者进行一定的纪律处分，如警告、记过等，但不应直接扣除多倍的工资。

劳动者权益保护角度

作为劳动者，如果遇到用人单位“一天不上班扣三天工资”的情况，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先，可以尝试与用人单位进行沟通，了解其扣款的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁：如果投诉后问题仍未得到解决，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。

建议：用人单位在制定规章制度和劳动合同条款时，应当遵循法律法规的强制性规定，确保条款的合法性和有效性。同时，劳动者也应当了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。