结论：在上级纪检监察机关指定的线索核查后，若确认与被审查人无关，一般情况下不能直接收缴相关人员的违纪款，但需根据具体情况进行细致分析。
分析说明：
线索核查与违纪款收缴的独立性：
- 线索核查是纪检监察机关对涉嫌违纪违法行为的初步调查过程，其目的是确定是否存在违纪违法事实以及责任人。
- 违纪款收缴则是基于已经查实的违纪违法事实，对涉案财物进行处置的行为。
- 两者在程序上是独立的，线索核查的结果并不直接决定违纪款的收缴。
与被审查人无关的情况：
- 如果线索核查后确认与被审查人无关，那么被审查人本身并不构成违纪违法的主体，因此不存在对其收缴违纪款的问题。
- 若相关人员确实存在违纪行为，但并非被审查人，纪检监察机关应针对该相关人员启动新的调查程序，查实其违纪事实后，再依法进行违纪款的收缴。
可能的例外情况：
- 在某些特殊情况下，如相关人员主动上交违纪款、或者存在其他需要立即采取措施防止违纪款流失的情形，纪检监察机关可能会根据相关规定和程序，先对违纪款进行暂扣或封存，待查实后再作进一步处理。
- 但这种情况并不改变“线索核查与被审查人无关时，不能直接收缴违纪款”的基本原则。
法律建议：
- 对于纪检监察机关而言，应严格按照法定程序进行线索核查和违纪款收缴工作，确保程序的合法性和正当性。
- 对于被审查人或相关人员而言，如果认为纪检监察机关的处理存在不当之处，可以依法提出申诉或复议等救济措施。
- 在实际操作中，如果遇到复杂或疑难的情况，建议及时咨询专业律师或法律顾问，以确保合法权益得到保障。
后续行动指南：
- 如果您是相关人员且认为自己的权益受到了侵害，可以收集相关证据材料，向纪检监察机关提出申诉或复议申请。
- 如果您是纪检监察机关的工作人员，在处理此类案件时，应严格遵守法定程序和规定，确保案件处理的公正性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，也可以直接向我咨询。