结论：公司运输车登记在个人名下后，公司是否有权留下该车辆，取决于车辆的实际所有权归属以及公司和个人之间的约定或法律规定。以下从不同角度进行分析：
车辆所有权归属：
- 若车辆实际为公司所有：尽管车辆登记在个人名下，但如果公司能够提供充分的证据（如购车发票、付款记录、车辆使用记录等）证明车辆的实际所有权归公司所有，那么公司有权要求个人返还车辆或继续使用车辆。此时，个人只是名义上的车主，并不享有车辆的实际权益。
- 若车辆实际为个人所有：如果车辆确实是由个人购买并登记在其名下，且公司无法提供相反证据证明车辆归公司所有，那么车辆的所有权应归个人所有。在此情况下，公司无权要求个人留下车辆，除非双方之间存在特定的约定或法律关系（如租赁、借用等）。
公司和个人之间的约定：
- 存在书面或口头约定：如果公司和个人之间就车辆的使用、归属等问题存在书面或口头约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照约定履行。例如，如果双方约定车辆由公司使用但登记在个人名下，且公司承担相关费用，那么公司有权在约定范围内使用车辆。
- 无明确约定：如果双方之间没有明确的约定，那么车辆的所有权和使用权应依据相关法律法规和实际情况进行判断。在此情况下，公司可能难以直接要求个人留下车辆，除非能够证明车辆的实际所有权归公司所有。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果公司未经个人同意擅自留下车辆，可能构成侵权行为，个人有权要求公司返还车辆并赔偿损失。反之，如果个人拒绝返还属于公司的车辆，公司也有权通过法律途径维护自己的权益。
- 建议：为了避免纠纷的发生，建议公司和个人在车辆登记、使用等方面签订明确的书面协议，明确双方的权利和义务。同时，公司应妥善保管与车辆所有权相关的证据材料，以便在需要时证明车辆的实际归属。
特殊情况说明：如果车辆是作为公司贷款的抵押物而登记在个人名下，那么情况会更为复杂。此时，车辆的所有权可能受到贷款合同和抵押权的影响。公司应仔细审查贷款合同和抵押权的相关条款，了解自己的权利和义务，并在必要时咨询专业律师的意见。
进一步行动建议：如果您或您的公司面临此类问题，建议直接向我咨询，提供详细的车辆购买、登记、使用以及贷款等相关信息，以便我能够为您提供更具体、更专业的法律建议。