非法占用耕地罪和非法占用农用地罪在法律上其实是同一罪名，即非法占用农用地罪，它涵盖了非法占用耕地的行为。不过，为了全面解答你的疑问，我会从非法占用农用地罪（包含非法占用耕地）与非法转让、倒卖土地使用权罪的区别这一角度进行阐述，因为这两者在实践中容易混淆，且都涉及土地资源的非法利用。

一、犯罪客体与保护重点不同

1. 非法占用农用地罪：此罪侵犯的客体是国家对农用地的管理秩序及农用地的合理利用。其核心在于保护农用地的特定用途不被擅自改变，以确保农业生产的稳定性和土地资源的可持续利用。例如，非法占用基本农田进行非农建设，即严重破坏了这一管理秩序。

2. 非法转让、倒卖土地使用权罪：该罪则针对的是国家对土地使用权合法转让的管理制度及土地市场的正常秩序。它主要打击的是土地使用权流转中的违法违规行为，旨在维护土地交易市场的规范性和合法性。

二、客观行为表现差异明显

1. 非法占用农用地罪：具体表现为违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，并改变其用途，数量较大且造成农用地大量毁坏。如未经批准在耕地上建厂，导致耕地无法再用于农业生产。此罪强调的是对农用地实际用途的改变及对土地本身的破坏。

2. 非法转让、倒卖土地使用权罪：则以牟利为目的，违反土地管理法规，非法转让、倒卖土地使用权，且情节严重。这包括将土地使用权违法转让他人，或像商品一样在土地市场上进行非法交易以获利。例如，未取得合法手续即转让土地使用权给他人用于非法定用途。

三、犯罪对象有所不同

1. 非法占用农用地罪：犯罪对象特定为农用地，包括耕地、林地、草地等直接用于农业生产的土地。这些土地具有明确的农业生产功能和价值。

2. 非法转让、倒卖土地使用权罪：犯罪对象则是土地使用权，范围更广，不仅限于农用地，还包括建设用地等其他类型土地的使用权。

四、主观故意内容各异

1. 非法占用农用地罪：行为人明知自己的行为会改变农用地用途并可能造成农用地毁坏，仍积极追求或放任这种结果的发生。其目的通常是为了满足自身建设或其他非农业生产需要。

2. 非法转让、倒卖土地使用权罪：行为人主观上以牟利为目的，清楚其非法转让、倒卖土地使用权的行为违反法律规定，但仍为获取经济利益而实施。

五、入罪标准不同

1. 非法占用农用地罪：根据相关司法解释，非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，且造成耕地大量毁坏的，才构成犯罪。这里的“大量毁坏”通常指耕地种植条件被严重破坏或污染。

2. 非法转让、倒卖土地使用权罪：情节严重的认定主要考虑非法转让、倒卖的土地面积、非法获利数额等因素。如非法转让、倒卖基本农田以外的耕地二十亩以上，或非法获利五十万元以上等情形，即被视为情节严重而构成犯罪。

法律建议

• 对于非法占用农用地（包括耕地）的行为：如果行为人未经批准非法占用了农用地并改变了其用途，且数量较大造成了农用地的大量毁坏，那么将可能面临刑事责任的追究。因此，建议行为人在进行土地利用活动时，务必遵守相关法律法规，确保土地用途的合法性和合规性。

• 对于非法转让、倒卖土地使用权的行为：如果行为人以牟利为目的，非法转让、倒卖了土地使用权，且情节严重，那么也将面临刑事责任的追究。因此，建议行为人在进行土地使用权交易时，务必确保交易的合法性和合规性，避免触犯法律红线。

如果你或你身边的人遇到了涉及土地资源的非法利用问题，或者对相关法律条款有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。