结论：车款逾期三个月后已经还清，一般情况下车辆不会被拖走，但具体是否会被拖车还需考虑贷款合同约定、贷款机构政策、是否遵循法律程序以及车辆抵押登记情况等多种因素。

详细分析：

1. 贷款合同约定：

   • 贷款合同是确定借贷双方权利和义务的重要依据。如果合同中明确规定了逾期还款后贷款机构采取拖车等措施的具体时间，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方均需严格履行。但既然您已经还清了逾期车款，这一条款在您还清后就不再适用，除非合同中有特别约定（如即使还清逾期款项，贷款机构仍有权在特定条件下拖车，但这种情况较为罕见）。

2. 贷款机构政策与惯例：

   • 不同贷款机构对逾期风险的容忍度和管理策略各异。有些机构可能在逾期较短时间（如1-3个月）内即采取拖车行动，而有些则可能更为谨慎，在逾期较长时间且多次催收无果后才考虑拖车。但既然您已经还清了逾期车款，贷款机构通常没有理由再采取拖车措施，除非他们认为您存在其他违约行为或风险。

3. 遵循法律程序：

   • 贷款机构在拖车前需遵循法定催收程序，包括通过电话、短信、邮件等方式多次通知借款人还款，并确保催收行为合法合规。既然您已经还清了逾期车款，贷款机构就没有必要再继续催收或采取拖车措施。

4. 车辆抵押登记情况：

   • 如果车辆已办理合法有效抵押登记，贷款机构作为抵押权人享有优先受偿权。但即便如此，在您还清逾期车款后，贷款机构也没有理由再拖车，除非他们认为您存在其他损害其权益的行为。
   • 如果车辆未办理抵押登记，贷款机构的权益保障较弱，他们更倾向于通过协商或诉讼方式解决逾期问题，而不是采取拖车措施。

法律建议：

• 既然您已经还清了逾期车款，建议您保留好还款凭证，以备不时之需。
• 如果您担心贷款机构可能会采取不当措施，可以主动与贷款机构沟通，确认还款情况，并要求他们出具书面确认函，明确表示您已还清逾期车款，且贷款机构不会因此采取拖车等措施。
• 如果您在还款过程中或还款后遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。

可能的后果：

• 在您还清逾期车款的情况下，贷款机构通常不会采取拖车措施。但如果贷款机构认为您存在其他违约行为或风险，他们可能会采取其他法律手段来维护自己的权益，如起诉您要求支付违约金或赔偿损失等。但这种情况较为少见，且需要贷款机构提供充分的证据来支持其主张。