药店变更法人后，以前遗留问题的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 合同类遗留问题
   若原法人签订的合同（如供货协议、租赁合同）未履行完毕，变更法人不影响合同效力。新法人需继续履行合同义务，但若合同中明确约定“法人变更需重新签署”或存在其他特殊条款，则需按约定处理。
   建议：立即审查所有未履行完毕的合同，明确权利义务归属，必要时与合同相对方协商补充协议。

2. 债务类遗留问题
   根据《公司法》规定，公司债务由公司财产承担，法人变更不改变债务主体。但若原法人存在抽逃出资、虚假出资等行为，或新法人明知存在债务仍接手，可能需承担连带责任。
   建议：对药店进行财务审计，确认债务范围，并在变更登记时通过公告等方式通知债权人，避免后续纠纷。

3. 行政许可与资质问题
   药店的《药品经营许可证》《营业执照》等需以法人名义办理，变更法人后需及时到市场监管、药监等部门办理变更登记。若未及时变更，可能面临行政处罚。
   建议：在变更法人后30日内完成所有资质文件的变更手续，确保合法经营。

4. 劳动纠纷遗留问题
   若原法人存在未支付的工资、社保、经济补偿等劳动争议，新法人原则上需继续承担责任。但若能证明劳动纠纷与新法人无关（如员工未与新法人签订劳动合同），可主张免责。
   建议：与员工重新签订劳动合同，明确劳动关系归属，并妥善处理原劳动纠纷，避免群体性事件。

5. 税务与法律责任问题
   若原法人存在偷税漏税、虚假申报等税务问题，税务机关可向公司追缴税款及滞纳金，新法人需配合处理。若原法人涉嫌刑事犯罪（如销售假药），新法人若未参与犯罪行为，一般不承担刑事责任，但需配合调查。
   建议：在变更法人前委托会计师事务所进行税务审计，确保无遗留税务问题，并保留相关证据。

总结：药店变更法人后，遗留问题的处理需以“公司主体不变”为原则，重点审查合同、债务、资质、劳动和税务五个方面。建议尽快完成所有变更登记手续，并委托专业机构进行全面合规审查，降低法律风险。如有具体问题，可直接向我咨询。