结论：关于九八年交过农业税的土地后来改种树，二轮延包时村集体将其纳入非承包地是否合理的问题，这并非一个简单的“合理”或“不合理”能判断的，需要从多个角度进行分析。
分析角度一：土地性质与承包关系
土地性质：首先，要明确该土地在九八年时的性质，是承包地还是非承包地。如果当时是承包地，且承包关系未发生变更，那么村集体在二轮延包时将其纳入非承包地可能缺乏法律依据。
承包关系变更：如果土地性质或承包关系在九八年后发生了变更，比如因政策调整、土地流转等原因，那么村集体在二轮延包时的处理可能基于新的情况或政策。但即便如此，也需要确保变更过程合法合规，且得到了相关权利人的同意。
分析角度二：改种树木的影响
土地用途变更：改种树木可能改变了土地的用途。如果这种改变未经相关部门批准或违反了土地利用规划，那么村集体可能因此对该土地进行了重新分类或处理。但即便如此，也需要确保处理过程符合法律法规和程序要求。
对承包关系的影响：改种树木本身并不直接导致承包关系的变更。除非双方有明确的约定或法律有特别规定，否则村集体不能仅因土地用途的改变就单方面变更承包关系。
分析角度三：二轮延包的政策与程序
政策依据：二轮延包是农村土地承包政策的重要组成部分，其目的和原则应遵循国家相关法律法规和政策规定。村集体在二轮延包时的处理应基于这些政策依据，确保公平、公正、合法。
程序要求：二轮延包应遵循一定的程序要求，如公示、征求意见、签订承包合同等。如果村集体在处理该土地时未遵循这些程序要求，那么其处理结果可能缺乏合法性和有效性。
法律建议：
核实土地性质与承包关系：首先，你需要核实该土地在九八年时的性质以及承包关系情况。这可以通过查阅相关土地档案、承包合同等文件来确认。
了解改种树木的情况：其次，你需要了解改种树木的具体情况，包括是否经过相关部门批准、是否违反了土地利用规划等。这有助于你判断村集体处理该土地的合法性。
咨询相关部门或律师：如果你对村集体的处理结果有疑问或不满，可以咨询当地农业部门、土地管理部门或专业律师。他们可以根据你的具体情况和当地政策规定，为你提供更具体的法律建议和帮助。
可能后果：
如果村集体的处理结果缺乏合法性和有效性，你可能有权要求村集体纠正其错误行为，并恢复你的承包关系或给予相应的补偿。但具体后果还需根据你的具体情况和当地政策规定来确定。因此，建议你及时咨询相关部门或律师以获取更具体的法律帮助。