若军人个人合法资金流入理财产品被查且认为存在问题，可按以下步骤处理：

1. 核实调查合法性
   首先需确认调查程序是否合法。根据《中华人民共和国监察法》及军队内部纪律规定，对军人财产的调查需有明确法律依据（如涉嫌贪污、受贿、挪用公款等职务犯罪，或违反军队财经纪律），且需由有权机关（如军队纪检监察部门、地方监察委）依法启动。若调查程序存在瑕疵（如未出示合法证件、未说明调查事由、超范围查封财产等），可要求调查人员出示相关法律文书，并保留书面异议权利。

2. 区分资金性质与理财合规性

   • 资金来源合法性：若资金确为合法收入（如工资、津贴、奖金、合法投资收益等），需准备证明材料（如银行流水、收入证明、税务申报记录等），证明资金来源清晰、无违法所得。
     
   • 理财产品合规性：需确认理财产品是否符合国家金融监管规定（如是否为正规金融机构发行、是否涉及非法集资、传销等）。若理财产品本身合法，即使收益较高，通常不构成违法；但若涉及高风险或违规产品（如虚拟货币交易、未备案的私募基金等），可能需承担投资风险，但资金本身若合法，仍可主张权益。

3. 主动配合调查并说明情况
   若调查属合法程序，应积极配合，但需注意：

   • 书面陈述：要求以书面形式说明资金来源、理财产品购买过程及收益情况，避免口头陈述被误记或遗漏关键信息。
     
   • 保留证据：保存所有与资金流动、理财产品相关的合同、转账记录、宣传材料等，以备查验。
     
   • 申请听证或复议：若对调查结论有异议，可依据《军队纪律条令》或《监察法》相关规定，申请听证或向上级机关复议，维护自身合法权益。

4. 防范法律风险

   • 避免“自证其罪”陷阱：在调查过程中，仅需如实说明情况，无需主动提供可能对自己不利的材料（如未如实申报的财产、违规理财记录等）。
     
   • 咨询专业意见：若涉及复杂法律问题（如资金来源与职务行为的关联性、理财产品是否涉及刑事犯罪等），可向我进一步咨询，我会结合具体案情分析风险点，并提供应对策略。

总结：军人合法资金流入理财产品被查，关键在于核实调查合法性、证明资金来源与理财合规性，并主动配合调查。若程序或结论存疑，可通过法律途径维权。如有具体细节需进一步分析，可直接向我提问。