结论是：轻微伤赔偿后，仍然可以做因果鉴定。以下从多个角度为你详细分析：

一、因果鉴定的目的与性质

因果鉴定在法律上主要是为了确定损害结果与特定行为之间是否存在因果关系。这种鉴定并不受是否已经进行赔偿的影响。即使双方已经就轻微伤的赔偿问题达成了协议，如果后续发现存在新的证据或者对之前的因果关系有疑问，仍然可以通过法律程序申请进行因果鉴定。

二、赔偿与因果鉴定的关系

1. 赔偿的达成：赔偿的达成通常是基于双方对损害事实、因果关系以及赔偿金额的认可。然而，这种认可并不排除后续对因果关系进行重新审查的可能性。
2. 赔偿后的新情况：如果在赔偿后出现了新的证据或者情况，表明之前的因果关系认定可能存在错误，那么受害方或者加害方都有权提出重新进行因果鉴定的申请。

三、法律程序与因果鉴定

1. 申请鉴定的程序：如果需要进行因果鉴定，通常需要向法院或者相关的鉴定机构提出申请，并提交相关的证据材料。法院或者鉴定机构会根据申请材料和实际情况，决定是否受理并安排鉴定。
2. 鉴定的法律效力：因果鉴定的结果通常具有法律效力，可以作为法院判决或者调解的依据。因此，即使已经进行了赔偿，如果因果鉴定结果对之前的认定产生了影响，那么赔偿金额或者责任分担等方面也可能需要进行相应的调整。

四、实际操作中的建议

1. 保留证据：在赔偿过程中，建议双方都保留好相关的证据材料，包括医疗记录、鉴定报告、赔偿协议等。这些证据材料在后续可能进行的因果鉴定中可能会起到关键作用。
2. 及时咨询：如果对因果关系有疑问或者发现新的证据，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及申请因果鉴定的具体程序和要求。

五、可能的法律后果

1. 如果因果鉴定结果改变：如果因果鉴定结果对之前的认定产生了影响，那么可能需要重新协商赔偿金额或者责任分担等方面的问题。如果无法达成一致，可能需要通过法律程序解决争议。
2. 如果因果鉴定结果不变：如果因果鉴定结果与之前的认定一致，那么赔偿协议通常仍然有效，双方需要继续履行协议中的义务。

最后需要强调的是，虽然轻微伤赔偿后仍然可以做因果鉴定，但具体是否需要进行鉴定以及鉴定的结果如何，都需要根据实际情况和法律规定来综合判断。如果你有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。