结论：在您父亲去世的情况下，直接与您叔叔进行亲子鉴定在常规意义上并不直接适用，因为亲子鉴定通常是用于确认父母与子女之间的生物学关系。不过，如果您是想通过叔叔来间接确认与父亲的亲子关系（即确认您与叔叔之间的叔侄关系，以此作为旁证），或者是在特定情境下（如遗产继承等法律事务中）需要证明家族关系，那么可以通过一些间接的方法来进行，但严格来说这并不等同于直接与叔叔做“亲子鉴定”。以下是一些可能的途径和解释：
一、利用父亲遗留的样本进行亲子鉴定（直接确认与父亲的关系）
样本准备：
- 如果您父亲生前留下了带有自身细胞的样本，如毛发（带毛囊）、口腔拭子、血液、精液等，并且这些样本被妥善保存，那么它们可以用于与您进行亲子鉴定，以直接确认您与父亲的生物学关系。
鉴定流程：
- 将这些遗留样本与您的样本一起送到专业、具备资质的司法鉴定机构，按照标准流程进行DNA提取和对比分析。
二、通过叔叔进行间接鉴定（确认家族关系）
亲缘鉴定：
- 在没有父亲遗留样本的情况下，如果您需要证明与叔叔之间的叔侄关系（作为家族关系的旁证），可以考虑进行亲缘鉴定。亲缘鉴定是通过比对DNA序列来确认个体间亲缘关系的一种科学方法，可以用于确认叔侄、堂兄弟等关系。
- 亲缘鉴定同样需要送到专业、具备资质的司法鉴定机构进行，且结果可能受到多种因素的影响，包括遗传信息的复杂性、样本的质量以及鉴定技术的限制等。
鉴定样本：
- 您需要提供自己的样本（如血液、口腔黏膜细胞等），同时叔叔也需要提供相应的样本。
三、法律建议与注意事项
选择正规机构：
- 在进行任何形式的亲子鉴定或亲缘鉴定时，务必选择具有合法资质和专业能力的司法鉴定机构，以确保鉴定结果的准确性和法律效力。
保护个人隐私：
- 鉴定过程中涉及的个人隐私信息应得到严格保护，避免泄露给无关第三方。
法律用途的谨慎性：
- 如果鉴定结果将用于遗产继承、法律权益等敏感问题，建议在进行鉴定前咨询专业律师，以了解相关法律程序和可能涉及的法律后果。
间接鉴定的局限性：
- 间接鉴定（如通过叔叔进行亲缘鉴定）的准确性可能受到多种因素的影响，且结果可能不如直接亲子鉴定那样具有决定性。因此，在选择间接鉴定方法时，应充分了解其局限性和可能的风险。
举例说明：假设您因为遗产继承问题需要证明与父亲的亲子关系，但父亲已经去世且没有留下直接的生物样本。在这种情况下，您可以先尝试寻找父亲生前的遗留样本进行亲子鉴定。如果无法找到直接样本，您可以考虑通过叔叔进行亲缘鉴定，以作为家族关系的旁证。但请注意，亲缘鉴定的结果可能不如直接亲子鉴定那样具有决定性，且可能受到多种因素的影响。
最终建议：如果您面临类似的情况，建议根据具体需求和实际情况选择合适的鉴定方法，并在进行鉴定前咨询专业律师以获取针对性的法律建议和帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。