结论：在涉嫌寻衅滋事罪且已在检察院签署认罪认罚书的情形下，仍有可能不被起诉，但具体取决于案件的实际情况和证据是否充分。不起诉的情况主要包括法定不起诉、酌定不起诉和存疑不起诉三大类。
一、法定不起诉（绝对不起诉）
情节显著轻微、危害不大：
- 如果寻衅滋事行为虽然形式上符合构成要件，但实际危害后果轻微，综合全案情况可不认为是犯罪，检察机关会作出不起诉决定。例如，邻里纠纷中的轻微冲突，未造成实质损害且双方已和解，可能被视为情节显著轻微。
犯罪已过追诉时效期限：
- 寻衅滋事罪的法定最高刑为十年有期徒刑，根据《刑法》规定，不同情节下的追诉时效可能为五年或十年。若犯罪行为超过追诉时效，检察机关不能提起公诉。
经特赦令免除刑罚：
- 特赦是由国家特定机关决定的，对特定犯罪人免除刑罚的制度。若寻衅滋事罪经特赦令免除，检察机关应不起诉。
犯罪嫌疑人、被告人死亡：
- 一旦犯罪嫌疑人或被告人死亡，刑事诉讼程序无法继续，检察机关会作出不起诉决定。
二、酌定不起诉（相对不起诉）
- 犯罪情节轻微：
- 对于犯罪情节相对轻微，且具有自首、立功、初犯、偶犯等从轻、减轻或免除处罚情节的，或积极赔偿被害人损失并取得谅解的，检察机关可综合考虑后作出不起诉决定。例如，在寻衅滋事案件中，如果犯罪嫌疑人作用较小，事后积极赔偿并取得谅解，同时具有自首情节，检察机关可能会作出酌定不起诉决定。
三、存疑不起诉（证据不足不起诉）
- 证据不足：
- 若收集到的证据不足以证明犯罪嫌疑人实施了寻衅滋事行为，或证据间存在矛盾，无法形成完整证据链条，检察机关会以证据不足为由作出不起诉决定。例如，在仅有被害人陈述而无其他客观证据佐证的案件中，检察机关可能会因证据不足而不起诉。
四、认罪认罚书的影响
- 签署认罪认罚书是犯罪嫌疑人对指控的犯罪事实和量刑建议表示认可的一种法律行为。虽然签署认罪认罚书通常意味着犯罪嫌疑人愿意接受处罚，但并不意味着检察机关一定会提起公诉。检察机关在审查起诉时，仍会综合考虑案件的实际情况和证据是否充分，以及是否存在不起诉的情形。
五、建议与注意事项
积极配合调查：
- 如果涉嫌寻衅滋事罪，应积极配合公安机关和检察机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
寻求法律帮助：
- 在整个法律程序中，建议及时向我咨询，了解具体的法律程序和可能的法律后果，以便更好地维护自己的合法权益。
关注证据情况：
- 证据是决定案件走向的关键因素。应关注公安机关和检察机关收集的证据情况，如果发现证据不足或存在瑕疵，可以及时提出异议或申请补充侦查。
了解不起诉后的法律后果：
- 即使检察机关决定不起诉，也并不意味着完全免除法律责任。在某些情况下，检察机关可能会根据案件具体情况对犯罪嫌疑人进行行政处罚或其他形式的处理。
总结：在涉嫌寻衅滋事罪且已在检察院签署认罪认罚书的情形下，仍有可能不被起诉。具体取决于案件的实际情况和证据是否充分，以及是否存在法定不起诉、酌定不起诉或存疑不起诉的情形。因此，建议积极配合调查工作，及时寻求我的法律帮助，并关注证据情况和不起诉后的法律后果。