在处理合同与发票不一致的问题时，我们首先要明确的是，合同和发票在交易中各自扮演着不同的角色，具有不同的法律地位和作用。

合同是双方当事人就交易事项达成的具有法律约束力的协议，它详细规定了交易的具体条款、条件以及双方的权利和义务。合同是交易的基础和核心依据，也是解决争议时的重要参考。在合同中，双方会明确约定交易的内容、价格、支付方式等关键要素，这些约定具有明确的法律效力。

发票则是交易完成后由销售方开具给购买方的商事凭证，它主要用于证明交易的发生、记录交易金额等税务相关事项。发票在税务申报和财务管理中具有重要作用，但它主要不是作为交易条款的法律依据。

当合同与发票不一致时，原则上应以合同为准。因为合同代表了双方的真实意愿和约定，是交易的基础和核心法律依据。发票上的不一致可能是由于开票失误、计算错误或非故意因素导致的，这些并不应改变原本合同约定的内容。

然而，也需考虑特殊情况：

1. 合同与发票的主体不一致：应以合同为准确定交易当事人。发票上的主体可能因代开发票等原因与合同不一致，但这不影响合同所确定的交易关系。

2. 合同与发票的金额不一致：一般以合同约定金额为准。但如果双方在履行合同过程中通过补充协议、会议纪要等书面形式，或者以实际履行行为对交易金额进行了变更，且发票金额与变更后的金额一致，那么应以变更后的金额为准。

3. 合同与发票的货物或服务内容不一致：应以合同约定的内容为准界定交易内容。发票上的内容可能出现填写错误或简化等情况，但这并不应改变合同中约定的货物或服务的具体规格、型号、数量、质量等信息。

4. 税务处理中的特殊性：在涉及税务处理时，税务机关通常依据发票来认定应税金额。因此，在进行纳税申报、缴纳税款等税务事项时，企业应先以发票金额申报纳税。但如果合同价与发票价不一致，后续可根据实际情况与税务机关沟通调整，以避免税务风险。

实际应用中的建议：

• 在签订合同时，应确保合同条款的清晰、准确和完整，以避免后续因合同与发票不一致而产生的纠纷。
• 在交易过程中，应妥善保存送货单、验收单、付款凭证等相关证据，以便在出现争议时能够证明交易的真实情况。
• 在发现合同与发票不一致时，应及时与对方沟通协商，寻求合理的解决方案，并根据具体情况采取适当的法律措施。

综上所述，当合同与发票不一致时，我们应以合同为准来确定交易的具体条款和条件，但也要关注特殊情况下的变更和实际履行行为，以及税务处理中的特殊性，并依据具体情况进行综合判断和处理。