关于政府侵占集体土地搞非农建设申请行政赔偿的时效问题，结论前置如下：

1. 一般时效规定：根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条的规定，赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算。因此，在政府侵占集体土地进行非农建设的情况下，集体土地的所有者或使用者（如村民委员会或村民小组）应当在知道或应当知道土地被侵占之日起两年内，向赔偿义务机关（通常是作出侵占行为的政府或相关部门）提出行政赔偿请求。

2. 时效中断与延长：

   • 时效中断：如果在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。此外，如果赔偿请求人在赔偿请求时效期间内向赔偿义务机关提出赔偿请求，或者向复议机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，时效也会中断，并从有关机关作出决定或者人民法院裁判生效之日起重新计算。
   • 时效延长：虽然《国家赔偿法》未直接规定时效可以延长，但在实践中，如果赔偿请求人因特殊情况（如严重疾病、自然灾害等）无法在时效期间内提出赔偿请求，且能够提供充分证据证明其无法行使请求权的原因，人民法院在审查后可能会酌情考虑时效的延长。不过，这并非法定情形，需根据具体情况由法院裁量。

3. 特殊情形下的时效问题：

   • 土地管理法相关规定：如果政府侵占集体土地的行为同时违反了《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，如未经批准擅自占用土地、未按照批准的用途使用土地等，集体土地的所有者或使用者还可以依据该法规定，向有关部门举报或申请查处。在这种情况下，行政赔偿请求的时效可能会与土地管理法的查处程序相关联，但一般仍应遵循《国家赔偿法》的两年时效规定。
   • 诉讼时效与赔偿时效的衔接：如果集体土地的所有者或使用者选择通过行政诉讼途径来维护自己的权益，那么行政诉讼的时效（通常是六个月，自知道或者应当知道行政行为作出之日起计算）与行政赔偿的时效是相互独立的。即使行政诉讼的时效已过，也不影响赔偿请求人单独提出行政赔偿请求（只要仍在《国家赔偿法》规定的两年时效期间内）。

法律建议：

• 及时主张权利：一旦发现政府侵占集体土地进行非农建设，应尽快收集证据（如土地权属证明、侵占行为照片或视频、政府相关文件等），并在知道或应当知道侵占行为之日起两年内，向赔偿义务机关提出行政赔偿请求。
• 咨询专业律师：由于行政赔偿案件涉及复杂的法律程序和证据规则，建议咨询专业律师以获取更具体的法律指导和帮助。
• 关注时效中断与延长：如果因特殊情况无法在时效期间内提出赔偿请求，应及时向相关部门说明情况并寻求解决方案，以避免时效过期带来的不利后果。

可能法律后果：

• 如果未在时效期间内提出赔偿请求：赔偿义务机关可能会以时效已过为由拒绝赔偿，导致集体土地的所有者或使用者无法获得应有的法律救济。
• 如果提出赔偿请求但证据不足：赔偿义务机关可能会要求补充证据或直接拒绝赔偿请求，因此提前收集和整理好相关证据至关重要。