结论：不动产登记部门对房子值100万但抵押2000万的情况进行抵押登记，从法律程序上讲是合法的，但抵押权的实现可能会受到房产实际价值的限制。以下从不同角度进行详细分析：
法律程序合法性
抵押登记的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，抵押登记是抵押权设立的必要程序，只要抵押合同合法有效，且抵押物（如房产）权属清晰，不动产登记部门就应当办理抵押登记。
- 抵押登记时，不动产登记部门主要审查抵押合同的合法性、抵押物的权属情况以及抵押双方的身份信息等，并不直接审查抵押物的实际价值与抵押金额是否匹配。
抵押金额与房产价值的关系：
- 抵押金额是抵押合同双方约定的，可以高于、等于或低于房产的实际价值。法律并未规定抵押金额必须与房产价值相当。
- 因此，即使房子值100万，但抵押双方约定抵押2000万，只要抵押合同合法有效，不动产登记部门仍然可以办理抵押登记。
抵押权实现的限制
抵押物价值不足的风险：
- 如果抵押物（房子）的实际价值低于抵押金额（2000万），那么在抵押权实现时，抵押权人可能无法全额收回债权。
- 例如，如果房子最终拍卖或变卖所得仅为100万，那么抵押权人只能就这100万优先受偿，剩余债权可能无法得到清偿。
抵押权人的风险防控：
- 抵押权人在接受抵押时，应当对抵押物的价值进行评估，并考虑抵押金额与房产价值的比例关系，以降低风险。
- 如果抵押金额远高于房产价值，抵押权人可以要求抵押人提供其他担保或增加抵押物，以确保债权的实现。
实际操作建议
抵押双方应谨慎约定抵押金额：
- 抵押双方在约定抵押金额时，应充分考虑抵押物的实际价值、市场波动情况以及债权实现的可能性等因素。
- 避免约定过高的抵押金额，以减少抵押权实现时的风险。
抵押权人应加强风险防控：
- 抵押权人在接受抵押前，应对抵押物进行充分的尽职调查，包括评估抵押物的价值、了解抵押物的权属情况等。
- 在抵押合同中明确约定抵押权实现的条件和方式，以及抵押物价值不足时的处理方式等。
如有需要，可寻求专业法律帮助：
- 如果抵押双方对抵押金额、抵押物价值或抵押权实现等问题存在争议或不确定，可以寻求专业律师的帮助。
- 律师可以提供专业的法律意见和建议，帮助抵押双方更好地理解和处理相关问题。
总结来说，不动产登记部门对房子值100万但抵押2000万的情况进行抵押登记是合法的，但抵押权的实现可能会受到房产实际价值的限制。因此，抵押双方在约定抵押金额时应谨慎考虑，并加强风险防控。如有需要，可随时向我咨询相关法律问题。