在与分公司发生纠纷时，你可以选择起诉分公司、总公司，或者将两者列为共同被告，具体取决于纠纷的性质、分公司的财产状况以及总公司的责任情况。以下是对此问题的详细分析：

一、起诉分公司的法律依据与情形

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第七十四条，法人可以依法设立分支机构。分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
   • 根据《中华人民共和国公司法》第十四条，公司可以设立分公司。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关规定，依法设立并领取营业执照的分公司，具有一定的诉讼权利能力，可以作为原告或被告参与民事诉讼。

2. 起诉分公司的情形：

   • 当分公司拥有足够财产承担民事责任时，你可以选择仅起诉分公司。例如，分公司与供应商签订合同后违约，且分公司有独立资金足以支付违约金，则供应商可单独起诉该分公司。
   • 起诉分公司便于直接执行其财产，如分公司有独立账户和资产（如店铺、设备等），胜诉后可直接对这些财产进行执行。

二、起诉总公司的法律依据与情形

1. 法律依据：

   • 同样依据《中华人民共和国民法典》第七十四条和《中华人民共和国公司法》第十四条，分公司产生的民事责任最终由总公司承担。

2. 起诉总公司的情形：

   • 当分公司无独立财产，或案件表明总公司应承担责任时，你可以直接起诉总公司。例如，分公司按总公司指令活动，且纠纷与总公司决策直接关联，你可越过分公司直接起诉总公司。
   • 若分公司财产不足以承担全部责任，总公司需承担补充责任。因此，在某些情况下，将总公司一并列为被告可能更有利于债权的实现。

三、将总公司和分公司列为共同被告的情形

• 分公司财产通常最终属于总公司，且总公司对分公司有管理和监督责任。若分公司财产不足以承担全部责任，总公司需承担补充责任。例如，分公司因重大工程建设项目欠款，资产不足以清偿债务时，你可将总公司和分公司列为共同被告，要求总公司承担补充清偿责任。

四、操作建议与注意事项

1. 操作建议：

   • 在处理与分公司纠纷时，应首先明确分公司与总公司之间的法律关系及责任承担方式。
   • 根据纠纷性质、合同条款及相关法律法规确定诉讼主体和管辖法院。
   • 考虑是否将分公司列为共同被告，或根据案件实际情况选择只起诉总公司。

2. 注意事项：

   • 起诉前需评估分公司的责任承担能力，以综合评估起诉的风险和收益。
   • 在诉讼过程中，法院可能会根据判决情况追加总公司为被执行人，以确保判决的执行。
   • 保留好相关证据材料，如合同、协议、往来信函等，以支持你的诉讼请求。

总结来说，在与分公司发生纠纷时，你可以根据具体情况灵活选择诉讼方式，确保自身合法权益得到有效维护。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。