高校独立法人附属单位占用学校资源的处理方式需结合法律关系、资源性质及占用性质综合判断，具体处理路径如下：

1. 明确法律关系：附属单位与高校是独立法人还是内部机构？

• 若附属单位为独立法人（如独立核算的校办企业、附属医院等）：
  其与高校是平等的民事主体关系，资源占用需以合同约定为基础（如租赁、合作协议）。若未签订合同或合同未明确权责，高校可依据《民法典》第577条（违约责任）或第1165条（侵权责任）主张权利，要求返还资源或赔偿损失。
  关键点：独立法人间的资源占用需遵循市场规则，高校需保留资源交付、使用记录等证据。

• 若附属单位为高校内部机构（如非独立核算的学院、研究中心）：
  资源占用属于高校内部管理范畴，需依据高校章程、内部管理制度（如《资产管理办法》）处理。若占用行为违反制度，高校可通过行政手段（如通报批评、调整资源分配）或纪律处分（如对责任人追责）解决。
  关键点：内部机构无独立财产权，高校需确保制度合法合规（如经教职工代表大会审议通过）。

2. 区分资源性质：公共资源还是专有资源？

• 公共资源（如图书馆、体育场馆）：
  若附属单位占用导致其他主体（如学生、教师）无法公平使用，高校可依据《教育法》第43条（受教育者权利）或《民法典》第286条（业主共有权）调整使用规则，例如实行预约制、收费制或优先保障教学科研需求。

• 专有资源（如高校所有的专利、设备）：
  若附属单位未经许可使用，高校可依据《专利法》第11条（专利权保护）或《民法典》第235条（物权保护）要求停止侵害、返还资源或赔偿损失。若占用涉及商业利益，还需审查是否违反高校与附属单位的利益分配协议。

3. 判断占用性质：合法使用还是滥用权利？

• 合法使用（如附属医院使用高校实验室进行科研合作）：
  需审查合作协议是否明确资源使用范围、期限及费用分担。若协议无约定，高校可要求补充协议；若附属单位未按协议使用，可依据《民法典》第563条（合同解除）终止合作并追责。

• 滥用权利（如附属单位将高校资源用于非教学科研目的，如对外经营）：
  高校可依据《民法典》第132条（禁止滥用民事权利）或内部管理制度要求停止侵权，并追究相关人员责任（如行政处分、经济赔偿）。若涉及国有资产流失，还需向主管部门报告并启动审计程序。

4. 处理路径建议

• 协商优先：高校可与附属单位沟通，明确资源使用规则并签订补充协议，避免矛盾升级。
  
• 制度完善：修订高校章程或内部管理制度，细化资源分配、使用及监督机制，减少争议空间。
  
• 法律救济：若协商无果，高校可向法院提起民事诉讼（如物权纠纷、合同纠纷）或向教育主管部门申请行政调解。
  

总结：高校需根据附属单位的法人地位、资源性质及占用行为合法性，选择协商、制度约束或法律救济等路径。处理过程中需保留证据（如合同、使用记录、沟通函件），并确保程序合法（如经校务会决议、公示制度）。若涉及复杂情形（如国有资产、知识产权），建议进一步分析具体条款后制定方案。