结论：公司申请破产后，其法人主体资格仍然存在，但受到一定限制；公司印章在特定情况下仍可使用，但需遵循相关法律规定和程序。
详细解释：
法人主体资格的存在与限制：
- 存在：公司申请破产并不意味着其法人主体资格的立即消灭。根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，公司进入破产程序后，其法人资格仍然保留，但受到破产程序的严格管理。
- 限制：在破产程序期间，公司的财产、业务、人员等均受到破产管理人的接管和处置，公司的日常经营活动受到严格限制。公司不得擅自处分其财产，也不得进行与破产程序无关的经营活动。
公司印章的使用：
- 印章的保管与使用：在公司申请破产后，公司印章通常应由破产管理人保管。破产管理人负责处理公司的破产事务，包括使用公司印章进行必要的法律文件签署等。
- 使用限制：公司印章的使用必须遵循破产管理人的指示和法律规定。未经破产管理人同意，任何个人或机构不得擅自使用公司印章。否则，可能面临法律责任。
- 特殊情况：在某些特殊情况下，如为了维护公司债权人的利益或进行必要的破产程序相关活动，破产管理人可能会授权特定人员使用公司印章。但这种情况必须严格遵循法律规定和程序。
法律建议：
- 对于公司而言，在申请破产后应积极配合破产管理人的工作，确保破产程序的顺利进行。同时，应妥善保管公司印章等重要物品，防止被未经授权的人员使用。
- 对于债权人而言，应密切关注破产程序的进展，及时了解公司印章等重要物品的使用情况。如发现未经授权的使用行为，应及时向破产管理人或法院报告。
- 在整个破产过程中，各方均应遵循法律规定和程序，确保破产程序的公正、公平和高效进行。
可能后果：
- 如果公司或个人未经破产管理人同意擅自使用公司印章，可能面临法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚等。
- 破产程序的顺利进行对于维护公司债权人的利益至关重要。如果因印章使用不当等原因导致破产程序受阻或产生纠纷，将可能给债权人带来不必要的损失和风险。
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