替别人签名并存入档案是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
如果替别人签名是经过对方明确授权的：
- 在这种情况下，替签行为通常被视为代理行为。根据《中华人民共和国民法典》中关于代理的相关规定，代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。因此，如果替签行为是在对方明确授权的范围内进行的，且该行为不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种替签行为是合法的，不会构成违法。
如果替别人签名未经对方授权或超越了授权范围：
- 在这种情况下，替签行为可能构成无权代理或越权代理。无权代理或越权代理签订的合同，对被代理人不发生效力，除非被代理人事后追认。更重要的是，如果这种替签行为被用于欺诈、伪造证据或其他非法目的，那么替签者可能面临法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。例如，在合同纠纷中，如果一方通过替签的方式伪造合同，以获取不正当利益，这种行为就可能构成合同诈骗，替签者将承担相应的法律责任。
替别人签名并存入档案的具体情境：
- 如果替签行为发生在需要严格身份验证的场合，如法律文件、政府文件或重要商业合同等，且未经对方明确授权，那么这种行为很可能被视为违法。因为这类文件通常要求签名者必须是本人或经过合法授权的代理人，以确保文件的真实性和合法性。
- 如果替签行为发生在一些非正式场合，如朋友之间的便条、内部备忘录等，且双方对此均无异议，那么这种行为可能不会被视为违法。但即便如此，也建议尽量避免替签行为，以免引发不必要的纠纷。
法律建议：
- 在任何情况下，都应尽量避免替别人签名，除非你明确获得了对方的授权，并且了解该行为的法律后果。
- 如果确实需要替别人签名，务必确保你获得了对方的明确授权，并保留好相关证据，如授权书、聊天记录等，以备不时之需。
- 如果发现有人未经授权替你签名，或者你因替别人签名而面临法律纠纷，应及时向专业律师咨询，以维护自己的合法权益。
总之，替别人签名并存入档案是否违法，取决于具体情境和法律规定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。