结论概述：
针对您提出的“养一只合法证明亚巨龟作为宠物，后听说必须有证，但是龟死了怎么办”的问题，这主要涉及到两个层面：一是饲养亚巨龟是否需要证件的合法性问题；二是若龟已死亡，对于证件及可能涉及的法律责任应如何处理。以下我将从这两个方面进行详细分析。
一、饲养亚巨龟的合法性及证件要求
合法性基础：
- 亚巨龟（通常指亚洲巨龟等特定种类）作为野生动物，其饲养、交易等行为受到《中华人民共和国野生动物保护法》等相关法律法规的严格监管。
- 根据法律规定，饲养受保护的野生动物通常需要取得相应的野生动物驯养繁殖许可证或经营利用许可证。
证件要求：
- 若您饲养的亚巨龟属于受保护物种，且您未取得相关证件，则您的饲养行为可能构成违法。
- 即便您最初取得了合法证件，也需确保证件在有效期内，并遵守证件规定的饲养条件、数量等限制。
二、龟死亡后的处理及法律责任
证件处理：
- 若龟已死亡，且您持有有效的野生动物驯养繁殖许可证或经营利用许可证，您应及时向发证机关报告龟的死亡情况，并按照发证机关的要求处理相关证件（如注销、变更等）。
- 若您未取得相关证件，龟的死亡并不免除您可能因非法饲养而承担的法律责任。您仍需面对可能的行政处罚或刑事责任（视具体情况而定）。
法律责任分析：
- 行政责任：若您未取得合法证件饲养亚巨龟，或证件已过期未续，您可能面临野生动物保护主管部门的行政处罚，包括罚款、没收违法所得、没收野生动物及其制品等。
- 刑事责任：在极端情况下，若您的非法饲养行为构成犯罪（如非法猎捕、杀害、收购、运输、出售国家重点保护的珍贵、濒危野生动物等），您可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
建议措施：
- 立即报告：若龟已死亡，且您持有相关证件，请立即向发证机关报告，并按照要求处理证件。
- 咨询专业：若您对证件处理或法律责任有疑问，建议咨询当地野生动物保护主管部门或专业律师，以获取准确、权威的指导。
- 合规饲养：未来若您打算继续饲养野生动物，请务必确保取得合法证件，并严格遵守相关法律法规和证件规定。
三、特殊情况考虑
- 若您饲养的亚巨龟并非受保护物种，或您所在地区对饲养该物种有特殊规定（如无需证件或特定条件下无需证件），则您需根据当地法律法规和规定进行处理。但无论如何，合规饲养都是避免法律风险的关键。
总结与提醒：
饲养野生动物需谨慎，务必确保合法合规。若龟已死亡，且您持有相关证件，请及时报告并处理证件；若未取得证件或证件已过期，请立即咨询专业律师或野生动物保护主管部门，以了解可能面临的法律责任并采取相应措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。