结论：法院判决时会综合考量合同约定、实际损失、公平原则及违约金性质等因素，可能支持全部违约金、部分违约金或调整违约金数额，具体判决结果需结合案件细节确定。
在处理购买商铺时开发商违约，且违约金按合同计算超过购房余款的案件时，法院会依据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，从以下几个角度进行综合判断和裁决：
合同约定与法律效力：
- 首先，法院会审查购房合同中关于违约金的条款，确认其是否明确、合法且双方自愿达成。如果合同条款清晰，且不违反法律、行政法规的强制性规定，法院通常会尊重合同双方的约定，倾向于支持合同中约定的违约金数额。
实际损失与违约金的关系：
- 法院会考虑开发商违约给购房者造成的实际损失。如果违约金数额显著高于实际损失，法院可能会根据《民法典》中关于违约金调整的规定，对违约金数额进行适当调整，以确保违约金的合理性，避免一方因违约金过高而获得不当利益。
公平原则与诚实信用原则：
- 法院在裁决时会遵循公平原则和诚实信用原则。如果违约金数额过高，且没有合理的解释或依据，法院可能会认为这违反了公平原则，从而对违约金进行调整。同时，法院也会考虑开发商的违约情节、过错程度等因素，以维护市场的公平交易秩序。
违约金的性质与目的：
- 违约金具有补偿性和惩罚性双重性质。法院在裁决时会考虑违约金的性质，如果违约金主要是为了补偿购房者的损失，那么法院可能会更倾向于根据实际损失来调整违约金数额；如果违约金还包含了对开发商违约行为的惩罚，那么法院可能会在合理范围内支持较高的违约金数额。
具体案例分析：
- 在实际案例中，如果购房者能够证明开发商的违约行为给自己造成了重大损失，且违约金数额与实际损失相当或略高，法院可能会支持全部或大部分违约金。
- 如果违约金数额显著高于实际损失，且没有合理的解释或依据，法院可能会根据购房者的请求或主动依职权调整违约金数额，使其与实际损失相匹配。
建议：
- 对于购房者而言，在签订购房合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于违约金的约定，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果发生开发商违约的情况，购房者应及时收集证据，证明自己的实际损失，并向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在诉讼或仲裁过程中，购房者可以积极与法院或仲裁机构沟通，说明自己的诉求和理由，争取得到公正、合理的裁决。
如有更多细节或疑问，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。